Daňová kontrola

Vydáno: 31 minut čtení

Daňová kontrola jako jeden z postupů při správě daní je upravena v § 85 až 88 zákona č. 280/2009 Sb. , daňový řád, ve znění pozdějších předpisů (dále jen „daňový řád “). Vzhledem k tomu, že se jedná o jednu z nejdůležitějších částí daňového řízení a současně o oblast, ve které vzniká velké množství sporů a nejasností mezi správci daně a daňovými subjekty, je vhodné se daňové kontrole věnovat blíže.

Daňová kontrola
Ing.
Zdeněk
Morávek
 
Úvodem
Daňová kontrola je jedním ze zásadních postupů správce daně v daňovém řízení. Cíl daňové kontroly zcela nepochybně koresponduje s cílem správy daní, kterým je správné zjištění a stanovení daní a zabezpečení jejich úhrady (§ 1 odst. 2 daňového řádu).
Předmětem daňové kontroly jsou daňové povinnosti, tvrzení daňového subjektu nebo jiné okolnosti rozhodné pro správné zjištění a stanovení daně vztahující se k jednomu daňovému řízení. To znamená, že předmětem daňové kontroly bude konkrétní daň a konkrétní zdaňovací období.
Na úvod je také důležité zastavit se u toho, do kdy může správce daně na daňovou kontrolu přijít, tedy kdy dochází k
prekluzi práva vyměřit daň.
Příslušná úprava je obsažena v § 148 daňového řádu, daň nelze stanovit po uplynutí lhůty pro stanovení daně, která činí tři roky. Lhůta pro stanovení daně počne běžet dnem, v němž uplynula lhůta pro podání řádného daňového tvrzení, nebo v němž se stala daň splatnou, aniž by zde byla současně povinnost podat řádné daňové tvrzení.
Lhůta pro stanovení daně končí nejpozději uplynutím 10 let od jejího počátku.
Příklad
Daňové přiznání k dani z příjmů právnických osob za zdaňovací období roku 2017 mělo být podáno do 2. 7. 2018, jednalo se o poplatníka, který ke zpracování a podání daňového přiznání zplnomocnil daňového poradce. Lhůta pro doměření daně začne běžet dne 3. 7. 2018 a skončí dne 2. 7. 2021, pokud nedojde k jejímu prodloužení.
Daňový řád potom v § 148 upravuje okolnosti, za kterých se lhůta pro stanovení daně prodlužuje o jeden rok (§ 148 odst. 2 daňového řádu – např. podání dodatečného daňového přiznání, nebo zahájení řízení o mimořádném opravném nebo dozorčím prostředku atd.), kdy běží lhůta znovu (§ 148 odst. 3 daňového řádu – např. zahájení daňové kontroly) a naopak, kdy lhůta neběží (§ 148 odst. 4 daňového řádu – např. soudní řízení, trestní stíhání pro daňový trestný čin související s touto daní atd.). I v těchto případech ale platí absolutní lhůta 10 let, kterou již nelze prodloužit a po jejím uplynutí již nelze daň stanovit. Pokud by tedy došlo k prekluzi, správce daně již nemá možnost daň nijak stanovit a ke skutečnosti
prekluze
musí přihlédnout z úřední povinnosti.
Jenom pro úplnost doplňme, že výjimkou z této úpravy jsou případy spáchání daňových trestných činů, v těchto případech lze daň stanovit a uhradit i po uplynutí výše uvedených lhůt.
Pokud se již finanční úřad rozhodne daňovou kontrolu provést, je předmětem častých diskuzí skutečnost, zda musí na počátku kontroly sdělit daňovému subjektu konkrétní důvod daňové kontroly nebo zda může daňovou kontrolu provést pouze namátkově bez konkrétního důvodu. Z tohoto hlediska byl velmi zajímavý nález Ústavního soudu České republiky sp. zn. I. ÚS 1835/07 ze dne 18. 11. 2008. V tomto nálezu došel Ústavní soud k závěru, že v případě daňové kontroly musí existovat konkrétními skutečnostmi podložené podezření, že konkrétní daňový subjekt, u kterého je daňová kontrola prováděna, zřejmě svou daňovou kontrolu nesplnil, nebo splnil, avšak v míře menší, než by měl. Znamená to tedy, že použití daňové kontroly nemůže být zcela svévolné, nýbrž je třeba vyžadovat existenci správcem daně formulovaných důvodů k jejímu zahájení.
Bohužel, finanční správa tyto závěry Ústavního soudu nepřijala a následný vývoj navazující judikatury tyto závěry nepotvrdil, či přesněji vyvrátil, což je samozřejmě z pohledu daňových subjektů velká škoda.
K tomu doplňme např. rozsudek Nejvyššího správního soudu ČR sp. zn. 1 Afs 107/2014-31 ze dne 10. 9. 2014, ve kterém je konstatováno, že daňová kontrola je klasickým daňovým mechanismem, pomocí něhož má správce daně právo kdykoliv (v průběhu prekluzivní lhůty) prověřit ve vymezeném rozsahu splnění daňových povinností subjektů, okolnosti rozhodné pro stanovení daně a rovněž také tvrzení daňových subjektů. Z uvedeného vyplývá, že je na správci daně, aby přistoupil k prověření i tehdy, nemá-li pochybnosti žádné; zkrátka pouze prověří správnost tvrzení daňového subjektu (např. těch informací, jež jsou uvedeny v daňových tvrzeních – § 135 a násl. daňového řádu).
Může tak učinit v podstatě kdykoliv, buďto ještě před vyměřením daně (nadměrného odpočtu), jako tomu bylo v souzeném případě, anebo i poté, co již dříve daň vyměřil. Je jisté, že včasné a co nejrychlejší zjištění rozdílu mezi daní tvrzenou a daní skutečnou a správnou přinese i rychlejší nápravu a omezí tak užití sankčních ustanovení v co nejnižší míře. Takový postup správci daně umožňuje nejen výslovná právní úprava v § 85 a násl. daňového řádu, jež je rovněž logickým i historicky daným prostředkem k prověřování správnosti tvrzené daně. Jak bylo řečeno, správce daně je k takovému postupu oprávněn i tehdy, nemá-li pochybnosti žádné. Z toho pak logicky vyplývá, že nemusí-li správce daně disponovat konkrétními pochybnostmi před zahájením daňové kontroly, není tedy v tomto ohledu co daňovému subjektu sdělovat; sdělit však musí rozsah kontrolního prověřování.
Jinak lze obecně konstatovat, že z pohledu daně z příjmů je pro správce daně rizikový takový poplatník, který je více zdaňovacích období po sobě ztrátový, a také ten, u kterého se náhle výrazně změní výše daňové povinnosti. Řada daňových kontrol je také výsledkem jiné kontrolní či vyhledávací činnosti správce daně, kdy tyto kontroly navazují na získaná zjištění.
Z pohledu DPH jsou potom předmětem kontroly často plátci, kteří opakovaně vykazují vysoký nárok na odpočet daně, a také nově zaregistrovaní plátci, kteří hned uplatňují vysoký nárok na odpočet daně. Výsledkem jiné kontrolní činnosti potom budou zejména plátci, u kterých vzniká podezření, že jsou zapojeni do řetězových nebo kolotočových podvodů.
Obecně také platí, že daňové kontroly se zaměřují na daňové subjekty, které hodlají ukončit podnikání.
Daňová kontrola se provádí u daňového subjektu nebo na místě, kde je to vzhledem k účelu kontroly nejvhodnější. Je možné konstatovat, že prioritní by měla být dohoda správce daně a daňového subjektu o místě provedení kontroly. Pokud se ale nedohodnou, daňový řád předpokládá, že daňová kontrola by měla být prováděna u daňového subjektu. S tím souvisí povinnost daňového subjektu zajistit vhodné místo a podmínky k provádění daňové kontroly. Zajímavostí je, že nesplnění této povinnosti nelze sankcionovat pořádkovou pokutou (§ 247 odst. 2 daňového řádu), pravděpodobně to ale bude mít za následek stanovení místa daňové kontroly v sídle správce daně.
K problematice zajištění místa pro provedení daňové kontroly lze odkázat na zajímavý rozsudek Nejvyššího správního soudu ČR sp. zn. 1 Afs 11/2004 ze dne 27. 3. 2006.
 
Zahájení daňové kontroly
Mimořádně důležité je přesně vymezit okamžik, kdy byla daňová kontrole zahájena. Jak vyplývá z ustanovení § 87 odst. 1 daňového řádu, daňová kontrola je
zahájena prvním úkonem správce daně vůči daňovému subjektu, při kterém je vymezen předmět a rozsah daňové kontroly
a při kterém správce daně začne zjišťovat daňové povinnosti nebo prověřovat tvrzení daňového subjektu nebo jiné okolnosti rozhodné pro správné zjištění a stanovení daně. Z toho tedy vyplývá, že aby daňová kontrola byla skutečně zahájena, musí být splněny tři podmínky:
správce daně musí učinit vůči daňovému subjektu nějaký úkon,
při tomto úkonu vymezí předmět a rozsah daňové kontroly,
správce daně začne fakticky zjišťovat daňovou povinnost nebo prověřovat okolnosti správného zjištění a stanovení daně.
Zejména třetí podmínka je ochranou daňového subjektu proti formálnímu zahájení daňové kontroly, které má za cíl pouze přerušit běh lhůty pro stanovení daně, zpravidla těsně před jejím marným uplynutím.
Pokud se správci daně nepodaří splnit všechny tři podmínky najednou, např. sepíše protokol o zahájení daňové kontroly, vymezí v něm rozsah a předmět kontroly, ale kontrolu fakticky provádět nezačne, potom je kontrola zahájena až okamžikem splnění všech podmínek, tedy té poslední. Z toho lze dovodit, že aby správce daně mohl začít zjišťovat daňovou povinnost a správné stanovení daně, musí mít na základě čeho toto zjišťovat. Kontrola tak nemůže být zahájena dříve, než daňový subjekt správci daně předá požadované doklady, účetní sestavy apod. Je ale pravdou, že stejně tak bude pravděpodobně možné za okamžik zahájení daňové kontroly považovat okamžik, kdy správce daně začne daňovému subjektu klást otázky, kdy za účelem kontroly provede prohlídku prostor daňového subjektu atd. Nelze tedy přesně a jednoznačně vymezit, jakými úkony bude daňová kontrola fakticky zahájena. A to vzhledem i k důvodové zprávě zákona, která obsahuje poněkud širší vymezení v tom smyslu, že postačuje i připravenost k faktickému zjišťování daňové povinnosti nebo dalších relevantních okolností.
Příklad
Správce daně oznámil řediteli jako statutárnímu orgánu příspěvkové organizace telefonicky dne 22. 6. 2018, že u příspěvkové organizace provede kontrolu na daň z příjmů právnických osob za zdaňovací období roku 2016. Dne 28. 6. 2018 se do příspěvkové organizace po předchozí telefonické domluvě dostaví pověřený pracovník správce daně a s ředitelem sepíše protokol o zahájení daňové kontroly, ve kterém vymezí předmět a rozsah daňové kontroly. Žádné další úkony prováděny nebudou. Následně se tento pracovník vrátí do sídla příspěvkové organizace dne 2. 7. 2018 a začne kontrolovat požadované a předložené doklady v souladu s vymezeným předmětem a rozsahem daňové kontroly.
Ve výše uvedeném případě by tak k zahájené daňové kontroly mělo dojít až dne 2. 7. 2018, kdy bylo zahájeno faktické zjišťování daňové povinnosti k dani z příjmů za rok 2016.
Odkažme v této souvislosti např. na rozsudek Nejvyššího správního soudu ČR sp. zn. 9 Afs 1/2013-36 ze dne 5. 12. 2013, ve kterém soud uvádí, že podle ustálené judikatury Nejvyššího správního soudu (např. rozsudek ze dne 28. 5. 2007, čj. 8 Afs 93/2006-183, či rozsudek ze dne 31. 8. 2004, čj. 5 Afs 16/2004-34) platí, že pokud správce daně formálně zahájí daňovou kontrolu pouhým sepsáním protokolu o daňové kontrole, je nutno kontrolu považovat za zahájenou až prvním následujícím úkonem, který je učiněn v souladu se zákonem. Je zřejmé, že podmínku souladu se zákonem nemůže splňovat úkon, který by byl správcem daně učiněn po uplynutí prekluzivní lhůty.
Okamžik zahájení daňové kontroly je mimořádně důležitým okamžikem
ve vztahu k právům a povinnostem daňového subjektu. Jakmile je totiž zahájena daňová kontrola, daňový subjekt není oprávněn podat dodatečné daňové přiznání, tato skutečnost vyplývá z § 141 odst. 6 daňového řádu. Podle této úpravy dodatečné daňové přiznání nebo dodatečné vyúčtování není přípustné k dani, která je předmětem probíhající daňové kontroly. Ovšem toto omezení se týká pouze těchto daní a těch zdaňovacích období, která jsou předmětem kontroly, tyto skutečnosti musí být uvedeny v protokolu o zahájení daňové kontroly. V ostatních případech nic nebrání tomu, aby bylo daňové přiznání podáno.
Zásadním rozdílem totiž je, že v případě, že případné pochybení bude napraveno dodatečným daňovým přiznáním, nebude uplatňováno penále podle § 251 daňového řádu, ale jestliže doměření daně proběhne na základě daňové kontroly, penále předepsáno bude.
Druhou významnou skutečností související s okamžikem zahájení daňové kontroly je potom obnova běhu prekluzivní lhůty v souladu s § 148 odst. 3 daňového řádu. Pokud byla před uplynutím lhůty pro stanovení daně zahájena daňová kontrola, podáno řádné daňové tvrzení nebo oznámena výzva k podání řádného daňového tvrzení, běží lhůta pro stanovení daně znovu ode dne, kdy byl tento úkon učiněn. Z toho vyplývá, že i daňová kontrola bez doměrku může mít pro správce daně nemalý význam, a to právě z titulu prodloužení lhůty pro stanovení nebo doměření daně.
Až teprve, pokud daňový subjekt neumožní správci daně daňovou kontrolu zahájit, tj. například nedostaví se na dohodnuté jednání či se jinak vyhýbá zahájení, ale i např. nepředá požadované doklady, může k tomuto být
správcem daně vyzván
. Správce daně tak má v rukou konkrétní institut, jak si zahájení daňové kontroly vymoci. Ve výzvě správce daně stanoví místo zahájení daňové kontroly (to ale nemusí být shodné s místem provádění této kontroly), její předmět a lhůtu, jejíž běh počíná dnem doručení, ve které je daňový subjekt povinen správci daně sdělit den a hodinu v rámci úředních hodin správce daně, kdy je připraven k zahájení daňové kontroly. Tuto lhůtu nelze prodloužit. Toto jsou tedy povinné náležitosti této výzvy, jak je vymezuje § 87 odst. 3 daňového řádu, ale rozhodně by měl správce daně do výzvy uvést i požadované poklady, které vyžaduje k zahájení daňové kontroly, aby mohl vůbec kontrolu fakticky zahájit. Jak jsem uvedl výše, pokud nemá co kontrolovat, nemohou být naplněny všechny podmínky pro její zahájení.
Co se týká výše uvedené lhůty, ustanovení § 87 odst. 4 daňového řádu zamezuje obstrukčnímu jednání daňového subjektu tím, že uvedený den, kdy je daňový subjekt připraven k zahájení daňové kontroly, musí nastat nejpozději patnáctý den ode dne uplynutí lhůty uvedené ve výzvě a musí být sdělen správci daně nejméně tři pracovní dny před navrhovaným termínem zahájení daňové kontroly.
K zachování lhůty potom blíže § 35 odst. 1 daňového řádu.
Je potřeba upozornit, že výše uvedená výzva správce daně nemá vymezenu jako jednu z povinných náležitostí rozsah daňové kontroly, což by mohlo vést k závěru, že tento rozsah uváděn být nemusí. To by mohl být problém zejména u velkých poplatníků právnických osob s rozsáhlým předmětem činnosti a velkým množstvím dokladů. Na toto téma proběhlo jednání Koordinačního výboru Komory daňových poradců ČR a Generálního finančního ředitelství (GFŘ) č. 401/24.04.13 Vymezení rozsahu daňové kontroly ve výzvě dle § 87 odst. 3 daňového řádu, který tento závěr naštěstí vyvrátil. Předkladatelé příspěvku argumentovali právě tím, že absence uvedení rozsahu daňové kontroly ve výzvě významně omezuje daňovému subjektu prostor k tomu, aby mohl splnit svou povinnost sdělit termín, kdy bude připraven k zahájení daňové kontroly, jestliže neví, co hodlá správce daně prověřovat a co vše má pro kontrolu připravit. Na základě toho GFŘ jednoznačně potvrdilo, že považuje za žádoucí rozsah daňové kontroly daňovému subjektu sdělit z důvodu ekonomie řízení a minimalizace zatěžování daňového subjektu – aby nemusel připravovat „celé účetnictví“, když správci daně bude kontrolovat jen jeho část. Současně ale zástupci GFŘ konstatovali, že pro správce daně je zavazující až vymezení rozsahu kontroly v protokolu o jejím zahájení, přičemž mohou být důvody pro změnu rozsahu kontroly v době mezi odesláním výzvy a faktickým zahájením daňové kontroly u daňového subjektu.
Pokud daňový subjekt bez vážných důvodů výzvě nevyhoví anebo neumožní ve sděleném termínu daňovou kontrolu zahájit a následně provést, může správce daně stanovit daň podle pomůcek nebo daň sjednat a postupovat tak podle § 98 daňového řádu, protože nelze stanovit daň dokazováním.
Důležité je tak si uvědomit, že daňový řád nespojuje s nečinností daňového subjektu fikci zahájení daňové kontroly. Buď je daňová kontrola řádně zahájena, nebo, pokud se to nepodaří, přechází správce daně na pomůcky nebo sjednání daně.
 
Práva a povinnosti při daňové kontrole
Další důležitou oblastí související s daňovou kontrolou jsou práva a povinnosti, které má daňový subjekt při daňové kontrole, úprava je obsažena v § 86 daňového řádu. Daňový subjekt je v prvé řadě povinen správci daně umožnit zahájení a provedení daňové kontroly. Mezi další
povinnosti daňového subjektu
patří:
Zajistit vhodné místo a podmínky k provádění daňové kontroly, vhodnost míst a podmínek potom posuzuje správce daně, který daňovou kontrolu provádí.
Poskytnout nezbytné informace o vlastní organizační struktuře, o pracovní náplni jednotlivých útvarů, o oprávněních jednotlivých zaměstnanců nebo jiných osob zajišťujících jeho činnost a o uložení účetních záznamů a jiných informací. Splnění této povinnosti má správci daně zajistit dostatek informací o daňovém subjektu, aby mohla být daňová kontrola účelně provedena.
Předložit důkazní prostředky prokazující jeho tvrzení, a to zejména z toho důvodu, aby unesl důkazní břemeno ve smyslu ustanovení § 92 odst. 3 daňového řádu, podle kterého daňový subjekt prokazuje všechny skutečnosti, které je povinen uvádět v řádném daňovém tvrzení, dodatečném daňovém tvrzení a dalších podáních.
Umožnit jednání s kterýmkoliv svým zaměstnancem nebo jinou osobou, která vykonává jeho činnosti.
Nezatajovat důkazní prostředky, které má k dispozici, nebo o nichž je mu známo, kde se nacházejí. Ovšem je otázkou, jak tuto úpravu hodnotit v souvislosti s čl. 37 odst. 1 Listiny základních práv a svobod, podle kterého má každý právo odepřít výpověď, jestliže by jí způsobil nebezpečí trestního stíhání sobě nebo osobě blízké. S tím také souvisí zásada, podle které nelze daňový subjekt postihnout za to, že ve věci vlastní daňové povinnosti nebude pravdivě vypovídat a nic nezamlčovat.
Kromě toho z ustanovení § 86 odst. 4 daňového řádu vyplývá, že správce daně má při provádění daňové kontroly pravomoci jako při místním šetření.
Daňový subjekt
je
tedy kromě výše uvedeného
povinen:
Poskytnout všechny přiměřené prostředky a potřebnou součinnost k účinnému provedení daňové kontroly.
Zapůjčit správci daně jím vyžádané doklady a další věci nezbytné pro správu daní i mimo své prostory; protože správce daně je povinen potvrdit převzaté doklady formou sepsání obsahu toho, co přebírá, vznikají často spory o tom, jak podrobný má být tento soupis. K této problematice lze odkázat na zajímavý
judikát
Nejvyššího správního soudu ČR sp. zn. 1 Afs 11/2004 ze dne 27. 3. 2006, ze kterého vyplývá, že se nemusí jednat o podrobný jmenovitý výčet jednotlivých dokladů a listin, zejména za situace, kdy jich je stovky či dokonce tisíce. Správce daně má povinnost do 30 dnů tyto doklady vrátit, ovšem s nesplněním této lhůty není stanovena žádná konkrétní sankce.
Umožnit správci daně vyžádat si nebo odebrat pro účely bližšího posouzení nebo expertizy vzorky věcí.
Naproti tomu má daňový subjekt, u něhož je daňová kontrola prováděna, také přesně
vymezená práva,
a to:
Být přítomen jednání se svými zaměstnanci nebo dalšími osobami, které vykonávají jeho činnosti, smyslem je samozřejmě to, aby měl možnost kontroly, že toto jednání probíhá řádně a na výsledky tohoto jednání případně reagovat či je doplnit. Aby daňový subjekt mohl toto své právo konzumovat, musí jej správce daně informovat o úmyslu takovéto jednání uskutečnit. Dalšími osobami se myslí např. externí účetní, který vede účetnictví daňového subjektu.
Předkládat v průběhu daňové kontroly důkazní prostředky nebo navrhovat provedení důkazních prostředků, které on sám nemá k dispozici. Daňové řízení vede správce daně a má také řadu prostředků, jak důkazní prostředky zajistit, daňový subjekt takové možnosti nemá, proto je v pozici, že předkládá a navrhuje správci daně, tedy tomu, kdo řízení vede. Správce daně však nemusí získat a provést všechny navržené důkazní prostředky, má možnost zhodnotit a uvážit, zda tento důkazní prostředek přinese do daňového řízení nová zjištění, která povedou ke správnému stanovení daňové povinnosti. Pokud navržený důkazní prostředek odmítne provést, musí se správce daně s touto skutečností vypořádat, tj. odůvodnit, proč tak učinil.
Vyvracet pochybnosti vyjádřené správcem daně. Opět platí, že aby mohl daňový subjekt toto své právo uplatnit, musí jej správce daně v průběhu daňové kontroly o těchto pochybnostech adekvátním způsobem informovat. Toto právo úzce souvisí s předchozím právem na předkládání a navrhování důkazních prostředků, protože smyslem tohoto jednání bude právě vyvracení pochybností správce daně.
Pokud má na jedné straně daňový subjekt daňovým řádem přiznána určitá práva, na druhé straně musí mít správce daně povinnost umožnit daňovému subjektu tato práva konzumovat. Pokud daňový subjekt nebude spokojen s rozsahem, v jakém jsou mu správcem daně tato práva poskytována, možností ochrany je podat stížnost podle § 261 daňového řádu. Obecně platí, že stížnost má být vyřízena ve lhůtě 60 dnů, ale jestliže stížnost směřovala proti nevhodnému chování úřední osoby při daňové kontrole, nebo postupu správce daně při daňové kontrole, musí být vyřízena nejpozději do ukončení daňové kontroly. Má-li stěžovatel za to, že jeho stížnost nebyla řádně vyřízena, může požádat nejblíže nadřízeného správce daně, aby prošetřil způsob vyřízení stížnosti.
 
Ukončení daňové kontroly
Je zřejmé, že stěžejní částí
zprávy o daňové kontrole
bude výsledek kontrolního zjištění. Mělo by se tedy jednat o přehled nalezených pochybení správcem daně u předmětného daňového subjektu a vyčíslení důsledků na doměřovanou daňovou povinnost.
Další zásadní částí zprávy o daňové kontrole bude hodnocení důkazů zjištěných v průběhu daňové kontroly. Je vhodné upozornit, že toto ustanovení (§ 88 odst. 1 daňového řádu) lze vykládat tak, že hodnoceny mají být všechny důkazy zjištěné v průběhu daňové kontroly, správce daně si tedy nemůže vybírat, které důkazy se mu hodí a které nikoliv. Každý důkaz bude hodnocen samostatně a následně budou všechny důkazy hodnoceny ve vzájemné souvislosti a samozřejmě musí přihlédnout ke všemu, co vyšlo během daňové kontroly najevo. Tato zásada vyplývá z § 8 daňového řádu.
Dále musí zpráva o daňové kontrole obsahovat odkazy na konkrétní protokoly nebo úřední záznamy, které jsou významné z hlediska celého průběhu daňové kontroly, požadavky na obsah zprávy o daňové kontrole jsou tak mnohem konkrétnější a přesnější, než tomu bylo v dřívějším zákoně č. 337/1992 Sb., o správě daní a poplatků (dále jen „zákon o správě daní a poplatků“). Z této úpravy jednoznačně vyplývá, že o těchto protokolech či úředních záznamech by měl daňový subjekt vědět a měl by být seznámen s jejich obsahem, a to ještě před projednáním závěrečné zprávy. Význam to bude mít zejména v případě vyjádření daňového subjektu k výsledku kontrolního zjištění a v případě stanoviska správce daně k jednotlivým tvrzením, návrhům nebo výhradám daňového subjektu.
Z požadavků na obsah zprávy o daňové kontrole také vyplývá, že správce daně musí nejdříve daňový subjekt seznámit s výsledkem kontrolního zjištění, následně se k tomuto výsledku musí daňový subjekt vyjádřit a poté musí správce daně k těmto návrhům či výhradám přijmout stanovisko. Až poté, co je tato část uzavřena, je možné přistoupit k projednání závěrečné zprávy o daňové kontrole.
V rámci
projednávání závěrečné zprávy
musí správce daně seznámit daňový subjekt s výsledkem kontrolního zjištění (tedy opět), včetně hodnocení dosud zjištěných důkazů, a předložit mu jej k vyjádření. Daňový subjekt může požádat o poskytnutí přiměřené lhůty, ve které se může daňový subjekt vyjádřit k výsledku kontrolního zjištění a navrhnout jeho doplnění, z dikce ustanovení § 88 odst. 3 daňového řádu vyplývá, že správce daně této žádosti vyhoví. Pokud ovšem nedojde na základě tohoto vyjádření ke změně výsledku kontrolního zjištění, nelze již v rámci projednání zprávy o daňové kontrole navrhovat jeho další doplnění. Tím je zajištěno, že daňový subjekt nebude neúčelně prodlužovat daňovou kontrolu podáváním stále nových a dalších návrhů.
Samotné projednání zprávy o daňové kontrole je ukončeno jejím podpisem, tímto podpisem se zpráva o daňové kontrole považuje za oznámenou a současně je ukončena daňová kontrola. Zprávu podepisuje daňový subjekt a úřední osoba, tedy příslušný pracovník správce daně. Zpráva se daňovému subjektu nedoručuje, její oznámení probíhá předáním jednoho stejnopisu daňovému subjektu.
Daňový řád upravuje i situaci, že kontrolovaný daňový subjekt bude odmítat se se zprávou o daňové kontrole seznámit nebo ji projednat, případně se jejímu projednání vyhýbá. V takovém případě potom správce daně doručí daňovému subjektu zprávu do vlastních rukou a den doručení zprávy o daňové kontrole se pokládá za den jejího projednání a ukončení daňové kontroly. Tato úprava obsažená v § 88 odst. 5 daňového řádu opět zamezuje možným obstrukcím ze strany daňového subjektu a dává správci daně jednoznačné nástroje, jak v takovém případě daňovou kontrolu úspěšně ukončit.
Odepření podpisu zprávy o daňové kontrole
kontrolovaným daňovým subjektem bez dostatečného důvodu nemá vliv na použitelnost zprávy o daňové kontrole jako důkazního prostředku. O tomto musí být ve zprávě kontrolovaný daňový subjekt prokazatelně poučen. Okamžikem bezdůvodného odepření podpisu nastávají též účinky projednání, oznámení zprávy o daňové kontrole a ukončení kontroly. Odepření podpisu zprávy o daňové kontrole kontrolovaným daňovým subjektem bez dostatečného důvodu nemá vliv na použitelnost zprávy o daňové kontrole jako důkazního prostředku. O tomto musí být ve zprávě kontrolovaný daňový subjekt prokazatelně poučen. Okamžikem bezdůvodného odepření podpisu nastávají též účinky projednání, oznámení zprávy o daňové kontrole a ukončení kontroly.
K problematice projednání zprávy o daňové kontrole, jejím náležitostem a odepření podpisu této zprávy lze odkázat na aktuální
judikát
Nejvyššího správního soudu ČR sp. zn. 2 Afs 143/2015-71 ze dne 3. 11. 2015. Z odůvodnění zamítnutí kasační stížnosti daňového subjektu lze uvést:
„Pokud jde o námitku stěžovatele, že zprávu o daňové kontrole nepodepsal také proto, že neobsahovala náležitosti podle § 88 daňového řádu, konkrétně že v ní absentovalo řádné hodnocení důkazů, k té Nejvyšší správní soud předesílá, že stejnou námitkou se již zabýval jak žalovaný, tak i krajský soud. Ti dospěli k závěru o její nedůvodnosti a Nejvyšší správní soud se nemá důvod od jejich názoru jakkoli odchýlit. Není vůbec pravdou, jak to tvrdí stěžovatel, že soud i žalovaný akceptovali jeho námitku ohledně absence tohoto hodnocení ve zprávě o daňové kontrole. Jak žalovaný, tak krajský soud totiž vyšli z toho, že správce daně provedené důkazy hodnotil řádně, což popsal také ve zprávě o daňové kontrole. Ze zprávy o daňové kontrole plyne, že správce daně uvedl důkazní prostředky, které provedl, popsal jejich obsah a vyhodnotil provedené dokazování, přičemž na jeho základě dospěl k závěru, že skutečnosti, od koho a za jakou cenu byla sporná vozidla pořízena, nebyly prokázány, a kromě toho odůvodnil, proč považoval provedení dalších stěžovatelem navrhovaných důkazů za nadbytečné. Jak již uvedl žalovaný i krajský soud, hodnocení důkazů správcem daně sice nebylo maximálně možně detailní, ve zprávě o daňové kontrole však neabsentovalo. Pokud jde o postup odvolacího orgánu, ten na základě odvolací námitky stěžovatele detailněji popsal provedené důkazy i jejich hodnocení, přičemž dospěl ke stejnému závěru jako správce daně, tudíž že nebylo prokázáno od koho, a za kolik byla předmětná vozidla zakoupena. Takový postup odvolacímu orgánu umožňuje právní úprava dle § 115 daňového řádu, dle které je oprávněn provádět dokazování k doplnění podkladů pro rozhodnutí nebo k odstranění vad řízení, anebo toto doplnění nebo odstranění vad uložit správci daně, který napadené rozhodnutí vydal, se stanovením přiměřené lhůty. Je-li tedy odvolací orgán oprávněn provádět nové dokazování, argumentem
a maiori ad minus
je nutně oprávněn také doplnit, resp. upřesnit, odůvodnění napadeného rozhodnutí ohledně již provedených důkazů, navíc za situace, nemění-li žádným způsobem závěry správce daně ohledně zjištěného skutkového stavu.“
 
Opakovaná daňová kontrola
Velmi důležitou úpravou, která v daňovém řádu reaguje na předchozí judikaturu, je přesné vymezení podmínek, za kterých lze opakovat daňovou kontrolu, tedy daňovou kontrolu, která se týká skutečností, které již byly v souladu s vymezeným rozsahem kontrolovány. Problematika opakovaných daňových kontrol byla, a stále je, častým předmětem sporů správců daně s daňovými subjekty. V souladu s § 85 odst. 5 daňového řádu lze daňovou kontrolu opakovat pouze ze dvou důvodů:
1.
Pokud správce daně zjistí nové skutečnosti nebo důkazy, které nemohly být bez zavinění správce daně uplatněny v původní daňové kontrole a které zakládají pochybnosti o správnosti, průkaznosti nebo úplnosti dosud stanovené daně nebo tvrzení daňového subjektu. Novými skutečnosti nebo důkazy jsou podle judikatury Nejvyššího správního soudu ČR (např. 2 Afs 149/2005-54) skutková zjištění, která v době rozhodování nemohla být v řízení uplatněna bez zavinění účastníka podávajícího návrh. Tyto skutečnosti nebo důkazy v době řízení tedy nutně existovaly, ale účastník je buď neznal, nebo nemohl použít. Za novou skutečnost nelze považovat skutečnosti nastalé až po proběhlém řízení ukončeném pravomocným rozhodnutím. Bude-li se jednat o nové skutečnosti nebo důkazy, které v době prováděné daňové kontroly ještě neexistovaly, nemůže to být důvodem pro opakování daňové kontroly. Je nutné zdůraznit, že v souladu s judikaturou by tyto pochybnosti měly být konkrétní a důvodné.
Další podmínkou je, že důvodem neuplatnění této nové skutečnosti nebo důkazu není zavinění správcem daně, to znamená, že správce daně nemohl mít možnost tuto novou skutečnost či důkaz obstarat již při první daňové kontrole. Je zřejmé, že tímto směrem je možné postupovat při případné obraně proti opakované daňové kontrole.
Poslední podmínkou potom je, že tyto nové skutečnosti zakládají pochybnosti o správnosti, průkaznosti nebo úplnosti dosud stanovené daně nebo tvrzení daňového subjektu. Nová zjištění tak musí vzbuzovat oprávněný dojem, že daň nebyla stanovena správně, jinak opět není možné k opakování daňové kontroly přistoupit. I tady je cesta pro možnou obranu.
Jistě není bez zajímavosti, že tato úprava byla v zákoně o správě daní a poplatků jednou z podmínek pro obnovu řízení [§ 54 odst. 1 písm. a) zákona o správě daní a poplatků], a tak by na tuto úpravu měla být aplikovatelná ustálená
judikatura
vážící se k tomuto ustanovení.
2.
Druhým důvodem je skutečnost, že daňový subjekt učiní úkon, kterým mění svá dosavadní tvrzení, bude se tedy jednat zejména o podání dodatečného daňového přiznání ze strany daňového subjektu. Je to vcelku logická úprava, která má zachovat možnost správci daně reagovat na změnu v tvrzení daňového subjektu. Správce daně by měl ale zvážit, zda je vůbec nutné se touto změnou tvrzení zabývat, a pokud ano, zda nepostačí forma místního šetření.
Jestliže by nedošlo k naplnění ani jednoho z těchto důvodů, správce daně není oprávněn daňovou kontrolu opakovat a tato kontrola by byla kontrolou nezákonnou.
V obou případech je možné provádět daňovou kontrolu pouze v rozsahu odpovídající těmto důvodům a správce daně musí daňový subjekt při zahájení kontroly s těmito důvody seznámit. Je tomu tak mimo jiné proto, aby měl daňový subjekt možnost kontroly, zda je opakování daňové kontroly legitimní, a případně se proti tomuto postupu účelně bránit.
V žádném případě by tedy nemělo docházet k situaci, že správce daně napoprvé daňovou kontrolu poněkud odbude, a následně si vymyslí důvody, pro které přijde daňovou kontrolu zopakovat a udělat pořádně.
Ovšem stále častěji uplatňují správci daně v praxi způsob, jak toto omezující pravidlo obejít, a to prostřednictvím dílčích kontrol. Tento postup spočívá v tom, že správce daně vymezí rozsah daňové kontroly velmi úzce, například daň z příjmů právnických osob za zdaňovací období roku 2016, ovšem se zaměřením na daňové odpisy. Takovýto postup potom nevylučuje, aby se správce daně při další kontrole nezaměřil opět na daň z příjmů právnických osob za zdaňovací období roku 2016, ale se zaměřením například na ověření výše zdanitelných příjmů. Jak ukazuje praxe, v tomto případě se nejedná o opakovanou daňovou kontrolu, ale podle názoru správců daně o dílčí kontroly, které nejsou nijak omezeny. Je potřeba přiznat, že této praxi správců daně se jenom velmi obtížně čelí a těžko se proti ní hledá účinná obrana.