641/29.04.26 Aplikace daňového odpočtu na výzkum a vývoj podle úpravy účinné od 1.
ledna 2026
Martin
Kopecký,
daňový poradce, ev. č. 3826
Ladislav
Morc,
daňový poradce, ev. č. 5473
1. Cíl příspěvku
Cílem příspěvku je vyjasnění pravidel pro odpočet na výzkum a vývoj účinných od 1. ledna
2026. Vzhledem k tomu, že nová úprava je velmi strohá, je vhodné metodicky vyřešit mj. otázky
týkající se souběžného využití odpočtu v rámci odpočtového celku jakož i přednostní využití odpočtu
u příjemců investičních pobídek.
2. Popis situace
Zákonem č. 360/2025 Sb. („novela“) byl
novelizován zákon č. 586/1992 Sb., o daních z příjmů
(ZDP). Předmětem novely jsou mj. nová pravidla pro
daňový odpočet na podporu výzkumu a vývoje. Novela zavádí dvě sazby odpočtu a nový institut
odpočtového celku. Tato nová pravidla nebyla součástí původního vládního návrhu zákona (tisk 926/0)
a do novely se dostala pozměňovacím návrhem poslanců Marka Ženíška a Zbyňka Stanjury (tisk 926/4,
číslo 6805) připraveným na půdě ministerstva financí. Návrh byl schválen se souhlasným stanoviskem
ministra financí jako garančního ministra na 146. schůzi sněmovny (volební období 2021-2025), aniž
by došlo k jeho představení navrhovateli nebo jeho věcnému projednání na výborech nebo v plénu
poslanecké sněmovny.
3. Nová úprava odpočtu na podporu výzkumu a
vývoje
Podle § 34 ZDP v novelizovaném znění činí
odpočet na podporu výzkumu a vývoje součet:
a)
150% části výdajů vynaložených v období na výzkum a vývoj zahrnovaných do odpočtu,
která nepřevyšuje limit pro použití zvýšené sazby odpočtu na podporu výzkumu a vývoje,
a
b)
100% části výdajů vynaložených v období na výzkum a vývoj zahrnovaných do odpočtu,
která převyšuje limit pro zvýšenou sazbu odpočtu na podporu výzkumu a vývoje.
Limit pro použití zvýšené sazby odpočtu podle písm. a) činí 50 mil. Kč. Je-li poplatník
součástí odpočtového celku, posuzuje se dosažení limitu pro použití zvýšené sazby podle písm. a)
souhrnně za všechny poplatníky, kteří jsou součástí stejného odpočtového celku, a to souhrnně za
všechna období, která končí ve stejném kalendářním roce. Skutečnost, zda je poplatník součástí
odpočtového celku, se posuzuje k poslednímu dni jeho období.
Je-li součástí odpočtového celku poplatník, který je společně ovládán osobou, která není
součástí tohoto odpočtového celku, zohlední se při posouzení dosažení limitu pro použití zvýšené
sazby podle písm. a) pouze poměrná část výdajů vynaložených tímto poplatníkem vypočítaná podle
součtu výší podílů na základním kapitálu, které v tomto společně ovládaném poplatníkovi mají
poplatníci, kteří jsou součástí odpočtového celku.
Je-li součástí odpočtového celku poplatník, který je ovládán společně ovládaným
poplatníkem, zohlední se při posouzení dosažení limitu pro použití zvýšené sazby podle písm. a) část
výdajů vynaložených tímto poplatníkem ve stejném poměru jako u společně ovládaného poplatníka. Pro
účely odpočtu na podporu výzkumu a vývoje zachází poplatník, který je společně ovládanou osobou, s
částí výdajů jako by ve vztahu k této části byl samostatným poplatníkem.
Je-li období poplatníka, který není součástí odpočtového celku, kratší nebo delší než 12
měsíců, limit pro použití zvýšené sazby podle písm. a) se poměrně sníží nebo zvýší v poměru
odpovídajícím počtu dnů, o které je období kratší nebo delší. Obdobím poplatníka se pro účely
odpočtu na podporu výzkumu a vývoje rozumí: a) zdaňovací období, nebo b) období, za které se podává
daňové přiznání.
4. Odpočtový celek
a)
ovládající osoba, která (i) není ovládána jinou účetní jednotkou podle zákona
upravujícího účetnictví nebo zahraniční jednotkou s povinností vést účetnictví podle právních
předpisů státu, podle jehož právních předpisů byla založena nebo zřízena, a zároveň (ii) je účetní
jednotkou podle zákona upravujícího účetnictví nebo zahraniční jednotkou s povinností vést
účetnictví podle právních předpisů státu, podle jehož právních předpisů byla založena nebo zřízena,
a
b)
osoby, které (i) ovládající osoba ovládá sama nebo společně s jinou osobou, a zároveň
(ii) jsou účetní jednotkou podle zákona o účetnictví
nebo zahraniční jednotkou s povinností vést účetnictví podle právních předpisů státu, podle jehož
právních předpisů byla založena nebo zřízena.
Společným ovládáním se pro účely odpočtu na podporu výzkumu a vývoje rozumí ovládání na
základě smlouvy, podle které se pro rozhodování vyžaduje jednomyslná shoda. Samostatná definice
ovládané a ovládající osoby není v ZDP obsažena, a
proto se uplatní definice obsažená v § 74 zákona č. 90/2012
Sb., o obchodních korporacích, obdobně jako v případě
§ 23 odst. 7 písm. b) bod 3 ZDP.
Podle důvodové zprávy k novele ZDP („DZ“) je
cílem zavedení odpočtového celku zabránění účelovému vyčleňování jednotlivých výzkumných nebo
vývojových aktivit do samostatných společností v návaznosti na stanovení limitu pro použití zvýšené
sazby odpočtu. Podle DZ informaci o odpočtovém celku, resp. informaci o tom, do jakého odpočtového
celku poplatník náleží (pokud je vůbec součástí nějakého odpočtového celku), bude poplatník uvádět v
rámci daňového přiznání. Poplatník přitom bude povinen odpočtový celek identifikovat tak, že označí
ovládající společnost, která je v rámci hierarchie odpočtového celku postavená nejvýše (tj. fakticky
„nejvyšší mateřskou společnost“).
Lze tedy shrnout, že součástí odpočtového celku