Lhůty ve správě daní

Lhůta pro podání přiznání k dani z příjmů je obecně upravena v § 136 daňového řádu. A do kdy je tedy nutné podat přiznání k dani z příjmů za zdaňovací období roku 2025? V případě, že zdaňovací období činí nejméně 12 měsíců (tj. zdaňovacím obdobím je kalendářní rok či hospodářský rok), pak je nutné daňové přiznání podat nejpozději do 3 měsíců po uplynutí zdaňovacího období.

Pokud nám do datové schránky přijde výzva na kontrolní hlášení a datová schránka byla otevřena, bylo tedy doručeno, je na odpověď 5 dní nebo 17 dní, a pracovních nebo kalendářních? Pokud nestihneme odpovědět ve stanovené lhůtě, je automaticky sankce a v jaké výši?

Lhůta pro správce daně podle § 34 odst. 1 daňového řádu se staví již dnem vydání rozhodnutí, kterým správce daně vyzývá k součinnosti, nikoli dnem následujícím.

Na stránkách MF byl uveřejněn Finanční zpravodaj č. 16/2025 ze dne 4. listopadu 2025, který obsahuje pokyn č. MF-20 o stanovení lhůt při správě daní.

Prodloužení lhůty k podání daňového tvrzení dle § 136 odst. 2 písm. b) bodu 2 daňového řádu svědčí pouze daňovým subjektům, za něž daňové tvrzení podal poradce na základě plné moci ve smyslu § 29 odst. 2 daňového řádu.

Správce daně není při stanovení náhradní lhůty k podání daňového tvrzení vázán lhůtou upravenou v § 250 odst. 7 daňového řádu.

Jestliže je tedy odpověď na mezinárodní dožádání nejprve doručena ústřednímu kontaktnímu orgánu, který žádost o mezinárodní dožádání podal (tím je v České republice podle § 6 odst. 2 zákona č. 164/2013 Sb. , o mezinárodní spolupráci při správě daní a o změně dalších souvisejících zákonů, Generální finanční ředitelství), je rozhodným právě datum, kdy byly odpověď doručena tomuto orgánu. Skutečnost, že ústřední kontaktní orgán následně tuto odpověď přepošle konkrétnímu správci daně s určitým zpožděním, je pro účely běhu prekluzivní lhůty nerozhodná.

NSS doplňuje, že s ohledem na výše uvedené nesouhlasí s názorem stěžovatelky, že prekluze práva stanovit daň brání pouze stanovení daně v neprospěch daňového subjektu. NSS souhlasí s žalovaným, že kdyby měl být dopad úpravy prekluzivní lhůty odlišný podle toho, zda má být výsledek daňového řízení ve prospěch, nebo naopak v neprospěch daňového subjektu (vyšší odpočet daně a nižší stanovená daň oproti poslední známé dani a naopak), musel by zákon na takovou eventualitu pamatovat. Žádná taková výjimka, resp. zvláštní pravidlo, však z daňového řádu nevyplývá.

Právnická osoba (s.r.o.) s účetním obdobím kalendářní rok, plánuje vstup do likvidace, a to k 1.1.2026. Za období před vstupem likvidace tedy nemusí zpracovávat mimořádnou účetní závěrku, ale bude zpracovávat řádnou účetní závěrku k 31.12.2025. Jaká je lhůta pro podání daňového přiznání za rok 2025?

OSVČ má zaplatit v prosinci 2024 zálohu na DPFO. Zaplatí ji však až v únoru 2025. Platba zaplacená v únoru 2025 se bude započítávat proti dani za rok 2024 nebo až pro rok 2025? Má vliv na započtení této únorové zálohy, kdy je podáno daňové přiznání? 

V roce 2022 byly koupeny dva pozemky a v roce 2023 rodinný dům. Vše bylo prodáno v roce 2024. V roce 2025 byl koupen rodinný dům, kdy se na nákup použily všechny prostředky z prodeje dvou pozemků. Příjem z prodeje pozemků by tedy měl být osvobozen z důvodu investování prostředků do vlastní bytové potřeby. V domě se bude dělat rekonstrukce, lze využít osvobození i pro prodej rodinného domu (koupeného v roce 2023) a zbytek nepoužitých prostředků na rekonstrukci zdanit až v daňovém přiznání za rok 2025? Na finanční úřad poslat tři oznámení o získání prostředků, které budou nebo byly použity na obstarání vlastní bytové potřeby na každou prodanou nemovitost zvlášť, anebo do jednoho oznámení uvést všechny tři prodané nemovitosti?

Nová podnikatelka bude v roce 2025 vybavovat ordinaci (nákup zařízení, úpravy prostorů), ale první zákazníky a tržby očekává až v roce 2026 (např. únor). Dotaz: Podle jakého zákona/parametru se určuje datum zahájení samostatné výdělečné činnosti pro: Živnostenský úřad (podle živnostenského zákona) Finanční úřad (podle zákona o dani z příjmů) Konkrétní nejasnosti: - možné momenty zahájení: Moment A: Zahájení přípravných prací (nákup vybavení, úpravy ordinace) - bez kontaktu s veřejností/zákazníky Moment B: Otevření ordinace a první fakturace zákazníkovi; Klíčové otázky: Berou oba zákony stejný okamžik jako zahájení činnosti?; Který z momentů (A nebo B) je rozhodující pro: - Živnostenský úřad, - Daň z příjmů fyzických osob - Případně Sociálku?; Mohou nastat situace, kdy se data zahájení podle obou zákonů liší?; Praktický dopad: podnikatelka chce využít ustanovení, že výdaje za rok předcházející (rok 2025) zahájení činnosti dle par. 5/7 DZP uplatní až s otevřením ordinace v roce 2026. Pokud by však zahájení činnosti bylo dle DZP už v 2025, tak by je musela uplatnit v roce 2025 a byla by v daňové ztrátě což nechce.; - Možný problém s pozdním oznámením na živnostenský úřad na datum zahájení činnosti

OSVČ podniká v advokacii a zároveň na základě živnostenského listu. Za rok 2023 měl příjmy cca 1 400 000 Kč pouze z advokacie, podal daňové přiznání, kde uplatnil výdaje procentem z přijmu ve výši 40 %. K 1. 1. 2024 vstoupil do režimu paušální daně a zvolil 1. pásmo. V květnu 2025 FÚ oznámil nesplnění podmínek pro vstup do paušálního režimu z důvodu špatně zvoleného pásma a celý režim od 1. 1. 2024 zrušil. Je postup FÚ správný? Nelze rozhodnutí nějak zvrátit, když 1. pásmo lze využít při podnikání na ŽL do výše 1 500 000 Kč a v roce 2024 tomu tak u OSVČ skutečně bylo. Pokud je rozhodnutí o zrušení režimu nezvratné, jsou stanoveny nějaké termíny, do kdy musí OSVČ podat daňové přiznání a související přehledy za rok 2024?

Pokud má žádost o mezinárodní spolupráci věcnou i časovou souvislost s předmětem probíhající daňové kontroly, staví běh lhůty pro stanovení daně. Z hlediska věcného je nutné posoudit obsah žádosti a zkoumat, zda měla souvislost s obchodními transakcemi, které daňový subjekt deklaroval. Z časového hlediska může žádost o mezinárodní dožádání stavět lhůtu pro stanovení daně jen ve vztahu k těm zdaňovacím obdobím, jichž se týká, a nikoli ke všem zdaňovacím obdobím, ohledně nichž byla zahájena daňová kontrola. Úkon mající za následek stavení běhu lhůty pro stanovení daně musí být totiž vykládán restriktivně (rozsudek NSS ze dne 13. 10. 2023, č. j. 2 Afs 124/2023-59). Není-li však dána věcná či časová souvislost mezinárodního dožádání s předmětem daňové kontroly a kontrolovanými zdaňovacími obdobími, nemůže stavit běh lhůty pro stanovení daně ve smyslu § 148 odst. 4 písm. f) daňového řádu ve vztahu k těmto daním či zdaňovacím obdobím. Správce daně měl tedy již před odesláním žádosti o mezinárodní spolupráci na Slovensko k dispozici informace o transakcích společnosti Kubex od její odběratelky N.I.N.A. Invest (výpisy z účtu svědčící o provedených platbách, objednávky, faktury, dodací listy, nabídka v e-mailu), které nezpochybnil, a nezpochybňovala je ani žalobkyně. Disponoval také daňovými přiznáními společnosti Kubex. Navíc byla žádost o mezinárodní spolupráci odeslána až dne 16. 1. 2018, ačkoli správce daně získal informace o vedení účtu společnosti Kubex u Tatra banky, které se mezinárodní dožádání týkalo, již z odpovědi na žádost o poskytnutí informací ze dne 11. 8. 2017. Lze proto konstatovat, že v době realizace tohoto mezinárodního dožádání měl správce daně dostatek informací o řetězci a transakcích v něm. Stěžovatel argumentoval také tím, že zpráva o daňové kontrole je finálním výstupem daných zjištění. V průběhu řízení si přitom nečiní závěr o tom, zda již disponuje dostatkem důkazů. Podle názoru NSS je však daňový orgán povinen učinit si předběžnou úvahu ohledně aktuálního stavu výsledků dokazování dříve, než uskuteční mezinárodní dožádání. V návaznosti na to může posoudit účelnost takového kroku. Obzvláště pak v případě, kdy je mezinárodní dožádání činěno v pozdější fázi probíhajícího daňového řízení, a postup správce daně může z tohoto důvodu působit účelově, je tento krok nezbytný.

Z nadpisu § 148 i systematiky daňového řádu bezesporu vyplývá, že celý § 148 upravuje lhůty pro stanovení daně. Jak již NSS výše uvedl, odst. 6 tohoto ustanovení obsahuje speciální (zcela svébytnou) lhůtu pro stanovení daně. Ve světle rozsudku sp. zn. 1 Afs 52/2008 (viz bod [34]), ve kterém NSS dospěl k závěru, že ručitelská výzva představuje rozhodnutí o stanovení daně a musí být vydána ve lhůtě pro stanovení daně, nikoli ve lhůtě pro placení daně, NSS neshledal žádný důvod, proč by se „speciální“ lhůta pro stanovení daně podle § 148 odst. 6 nemohla použít i na daňového ručitele, neboť ve vztahu k daňovému ručiteli představuje ručitelská výzva rozhodnutí o stanovení daně. … Stěžovatel má tedy pravdu, pokud namítá, že promlčením jeho odpovědnosti za škodu způsobenou společnosti DEMOSTAVBY, kterou stěžovatel způsobil jako její jednatel, by zanikl jeden z předpokladů pro existenci zákonného ručení podle § 159 odst. 3 občanského zákoníku , a stěžovatel by se touto námitkou tedy mohl ubránit povinnosti plnit (z titulu zákonného ručení podle § 171 odst. 1 daňového řádu ve spojení s § 159 odst. 3 občanského zákoníku ) na pohledávku věřitele (kterým je v nynější věci finanční úřad jako správce daně).

Probíhající řízení o žalobě proti rozhodnutí správce daně o registraci daňového subjektu k DPH nestaví lhůtu pro stanovení daně podle § 148 odst. 4 písm. b) daňového řádu .

Lhůta pro stanovení daně dle § 148 odst. 1 věty druhé daňového řádu počne běžet primárně dnem, v němž uplyne lhůta pro podání řádného daňového tvrzení. Pouze v případě, že neexistuje povinnost podat řádné daňové tvrzení, je pro počátek běhu prekluzivní lhůty rozhodný den, v němž se daň stala splatnou.

Existuje několik zákonných možností, jak docílit prodloužení lhůty pro podání daňového přiznání. Některé důvody jsou při splnění podmínek automatické, ale jsou i případy, kdy může být lhůta prodloužena na základě žádosti a rozhodnutí správce daně. Automatické prodloužení je možné například při elektronickém podání přiznání po uplynutí tří měsíců od zdaňovacího období, u účetních jednotek s povinným auditem, nebo pokud přiznání podává poradce. Na základě individuální žádosti lze lhůtu prodloužit také ze závažných důvodů, což může mít významné dopady na splatnost daně a další související povinnosti. Na lhůtu, případně prodlouženou lhůtu jsou navázány i další důležité situace, jako je splatnost daně, u osob samostatně výdělečně činných lhůta pro podání přehledů sociálního a zdravotního pojištění nebo také případné podání oznámení o osvobozených příjmech. Významnou konsekvencí při nedodržení lhůty pro podání přiznání k dani z příjmů může být stanovení pokuty za opožděné tvrzení daně, která ve vymezených případech vzniká automaticky ze zákona. Také se může stát, že pokud není řádné přiznání k dani z příjmů podáno, a to ani v náhradní lhůtě stanovené výzvou správce daně, může být daň stanovena podle pomůcek.

Nejvyšší správní soud se ztotožňuje se závěrem krajského soudu, že ze zjištění správce daně ze systému VIES, že „VAT ID DE250386531 má zrušenou registraci k 1. 1. 2013 s datem změny 8. 10. 2016“ vyplývá, že informace o zrušení registrace bylo do systému zapsáno zpětně. Ostatně z obsahu spisu plyne, že k datům podání daňových přiznání žalobkyně správci daně žádné pochybnosti stran osoby odběratele pana O. nevznikly a osvobození od daně ve vztahu k předmětným transakcím žalobkyni přiznal. Odpověď německých finančních orgánů na žádost o mezinárodní spolupráci ohledně zpětného zrušení registrace nemohla proto ověřit skutečnost, že žalobkyně ve smyslu rozsudku SDEU ve věci Mecsek-Gabona i rozsudku Teleos v daňových přiznáních (podaných v letech 2014 a 2015) hmotněprávní podmínku osvobození od DPH – tedy dodání zboží osobě povinné k dani v jiném členském státě – splnila. Vzhledem k výše uvedenému se Nejvyšší správní soud ztotožňuje se závěrem krajského soudu o neúčelnosti mezinárodního dožádání.