Daňová kontrola, postup k odstranění pochybností

Jsme obecně prospěšnou společností a měli jsme daňovou kontrolu. Finanční úřad nám neuznal daňové zvýhodnění ve výši 300 000 Kč z důvodu toho, že jsme neměli včas zveřejněnou výroční zprávu. Odůvodnění FÚ: „Vzhledem k tomu správce daně konstatuje, že daňový subjekt nesplnil podmínku zakotvenou v § 20 zákona o o.p.s., podle které má obecně prospěšná společnost vypracovat a zveřejnit výroční zprávu, a to v termínu, který stanoví správní rada, nejpozději však do šesti měsíců po skončení účetního období, dále obecně prospěšná společnost uloží do 30 dnů po schválení správní radou výroční zprávu do sbírky listin (viz § 27 zákona č. 513/1991 Sb., obchodní zákoník, ve znění pozdějších předpisů). Zpracovávání výroční zprávy a její zveřejňování patří k vnějším znakům, jimiž se neziskové právnické osoby odlišují od jiných právnických osob. Této zprávě se přikládá zvláštní důležitost, protože umožňuje široké veřejnosti kontrolovat činnost a hospodaření neziskové právnické osoby. Podle § 22 písm. a) zákona o o.p.s. pokud obecně prospěšná společnost poruší ustanovení § 2, 17 a 20, pozbývá pro rok, v němž k porušení došlo, daňová zvýhodnění stanovená tímto zákonem, zákonem o daních z příjmů a zákonem o dani dědické, dani darovací a dani z převodu nemovitostí.“ Správce daně nahlédl dne 29.04.2025 (zaevidováno pod č.j. 2426942/25/3010-60561- 712457) do sbírky listin Rejstříku obecně prospěšných společností vedeného u Krajského soudu v Brně a zjistil, že výroční zpráva za zdaňovací období roku 2021 nebyla ve lhůtě podle § 20 zákona o o.p.s. zveřejněna. Vzhledem k tomu, že daňový subjekt výroční zprávu za rok 2020 nezveřejnil ve lhůtě uvedené v § 20 zákona o o.p.s., porušil ustanovení § 20 zákona o o.p.s. a na základě § 22 téhož zákona pozbývá možnost využití daňového zvýhodnění, tedy využití daňové úspory. Nad rámec výše uvedeného bylo při nahlížení do sbírky listin zjištěno, že na soud byly dne 04.09.2022 doručeny listiny, které obsahovaly rozvahu, výkaz zisku a ztráty a přílohu roku 2020, a které jsou ve sbírce listin uloženy pod spisovými značkami O 560/SL17/KSBR, O 560/SL15/KSBR, O 562/SL10/KSBR. Správce daně uvádí, že dle § 21 zákona o o.p.s. kromě náležitostí zákona o účetnictví musí výroční zpráva obsahovat informace o: a) všech činnostech uskutečněných v účetním období v rámci obecně prospěšných služeb, doplňkové činnosti včetně jejich zhodnocení, b) lidských zdrojích, c) výnosech v členění podle zdrojů, d) vývoji a stavu fondů obecně prospěšné společnosti k rozvahovému dni, Strana - 9 - (celkem 21) zprávy o daňové kontrole č.j.: 3007224/25/3010-60561-712457 e) o stavu majetku a závazků obecně prospěšné společnosti k rozvahovému dni a o jejich struktuře, f) celkovém objemu nákladů v členění na náklady vynaložené pro plnění obecně prospěšných služeb, pro plnění doplňkových činností a na vlastní činnost obecně prospěšné společnosti, včetně všech nákladů na odměnu ředitele a na odměny členů správní rady a členů dozorčí rady, g) změně zakládací listiny a změně ve složení správní rady a dozorčí rady a o změně osoby ředitele, k niž došlo v průběhu účetního období. Na základě výše uvedeného nelze tedy doručené listiny (rozvahu, výkaz zisku a ztráty a přílohu) za zdaňovací období roku 2020 považovat jako náhradu zveřejněné výroční zprávy za období roku 2020, neboť tyto listiny neobsahují veškeré informace uvedené v § 21 zákona o o.p.s. Vzhledem k tomu, že nedošlo ke zveřejnění výroční zprávy za období roku 2020 nesplnil daňový subjekt podmínku pro daňové zvýhodnění daně z příjmů plynoucí z § 22 zákona o o.p.s. a nesplnil tedy podmínku pro možnost uplatnění daňové úspory uvedené v daňovém přiznání za zdaňovací období roku 2020“. Skutečně je naše porušení natolik závažné, že má FÚ právo nám toto zvýhodnění neuznat, protože jsme zveřejnili výroční zprávu pozdě? Není to například na pokutu v nějakém správním řízení? Lze tuto situaci ještě nějakým způsobem zachránit?

Mezinárodní spolupráce správců daně dnes zásadně mění možnosti i rizika pro české daňové subjekty – informace a zjištění ze zahraničí mají čím dál větší vliv na tuzemské daňové řízení a mohou rozhodnout o výsledku kontroly. Přeshraniční výměna informací a společné audity se staly běžnou součástí arzenálu daňových orgánů. Právní rámec EU i mezinárodní smlouvy umožňují převzetí důkazů ze zahraničí, zatímco procesní práva daňových subjektů jsou často omezená. Efektivita správy daní roste, ale současně sílí tlak na transparentnost a posílení ochrany práv daňových subjektů. Pokud chcete vědět, jak se připravit na přeshraniční kontrolu a jaké strategické kroky mohou firmám pomoci chránit jejich zájmy, začtěte se do detailní analýzy v tomto článku – zjistíte, proč se mezinárodní spolupráce stala nejen efektivní, ale i výzvou pro každého, kdo podniká v globalizovaném prostředí.

Výsledkem hospodaření s. r. o. za rok 2025 byla ztráta. Veškerá vzniklá ztáta bude zpětně uplatněna za rok 2023 a 2024. Na budoucí uplatnění nezbyde nic. Účetní doporučuje oznámit na FÚ vzdání se práva na budoucí uplatnění ztráty. Jednatel společnosti chápe, že je jedná o podstatné zkrácení prekluzivní lhůty, ale má pocit, že tímto podáním vlastně řekne FÚ „Máme v účetnictví chyby, proto musíme zkrátit lhůtu na 3 roky.“ a vyvolá tím s naprostou jistotou daňovou kontrolu. Jaký je váš názor? Domnívám se, že je to natolik běžné podání, že nic takového nehrozí. 

Zákon č. 586/1992 Sb., o daních z příjmů (dále jen „ZDP“), ukládá v § 38v povinnost fyzickým osobám nahlásit správci daně příjmy osvobozené od daně, pokud jsou vyšší než Kč 5 000 000, a to nejpozději ve lhůtě pro podání daňového přiznání k dani z příjmů fyzických osob. V následujícím ustanovení § 38w zákona o daních z příjmů pak definuje pokuty za nesplnění této povinnosti. Nejvyšší správní soud řešil několik kauz, které se vztahovaly k pokutám za nedodržení této ohlašovací povinnosti.

Ve svých článcích publikovaných před dvěma lety jsem se věnoval charakteru odvodu za porušení rozpočtové kázně a jeho procesnímu režimu. Tento článek je doplněním v otázce specifické problematiky lhůty, v níž lze tyto postupy zahájit. Toto téma je v současné době nejednoznačně řešené, a to jak orgány Finanční správy České republiky, tak i správními soudy a prochází dynamickým vývojem.

Přestože doba koronaviru již snad definitivně pominula, soudy stále soudí případy, kdy daňové subjekty uplatnily neoprávněně nárok na kompenzační bonus za období, kdy nemohly svoji činnost svobodně vykonávat.

Oblast skryté daňové kontroly, resp. činnost správce daně přesahující již pouhé mapování terénu, je již „zavedenou značkou“ na poli judikatury. Já jsem v letech 2022 a 2024 na toto téma sepsal články, ve kterých jsem popsal základní fakta, diskutoval s tehdy aktuálními závěry a nastiňoval možné závěry a důsledky1). Nyní nastal opět ten správný čas obohatit tuto problematiku o další diskusi. Co se tedy dnes mj. dozvíte? Má na skrytě prováděnou daňovou kontrolu vliv, zda se jedná o zdaňovací období před či po novele2) daňového řádu k 1. 1. 2021? Pozornosti vám jistě neuniklo, že ust. § 87 daňového řádu 3) doznalo po zmíněné novele významných změn. Proto je zcela na místě se zabývat tím, zda je logické rozlišovat období (vůči skrytě prováděnému kontrolnímu postupu) před a po novele.

Dodatečné daňové přiznání je klíčovým nástrojem pro opravu chybných údajů v řádném přiznání. Judikatura poskytuje důležité vodítko pro správné použití tohoto institutu, zejména ve vztahu k lhůtám pro podání a možnostem žaloby proti vlastnímu přiznání. Rozsudky soudů ukazují, že dodatečné přiznání lze podat i po překročení subjektivní lhůty, pokud jde o daň nižší. Správce daně má povinnost vyzvat k podání dodatečného přiznání, pokud má důvodný předpoklad doměření daně, ale výjimky existují, zejména pokud by výzva mohla zmařit cíl správy daní. Dodatečné přiznání může ovlivnit běh prekluzivní lhůty, což je významné pro správné stanovení daně.

Technologická platforma Bolt uzavřela memorandum o spolupráci s Finanční správou ČR a stala se tak první digitální platformou v oblasti osobní přepravy, která s respektem k právu České republiky na řádný výběr daní podobným způsobem spolupracuje. Společný dokument je zaměřen na pravidelné poskytování vybraných dat pro účely daňové správy a představuje důležitý krok k větší transparentnosti v celém odvětví tzv. ride-hailingových platforem.

Finanční správa na základě své analytické činnosti zjišťuje pokračující šíření nelegálních forem zaměstnávání včetně tzv. zastřeného zprostředkování pracovní síly. Tyto praktiky využívané některými firmami poškozují ostatní zaměstnavatele, vedou ke krácení daní a pojistných odvodů a často jsou spojeny i se špatnými pracovními podmínkami využívaných pracovníků.

Řada daňových subjektů obchoduje se zahraničím, což má pochopitelně i své daňové dopady. Finanční orgány si mezistátně vyměňují informace, obtíže s tím spojené se dostávají i na pořad jednání soudů. Výběru z judikatury na toto téma je věnován dnešní příspěvek. V našem časopise jsme se tomuto tématu již věnovali v č. 11/2022 v článku „Mezinárodní dožádání – výběr z judikatury správních soudů“. V úvodu tedy tradičně krátce shrneme rozsudky z předchozího příspěvku.

Téma nezákonných kontrol stále nemizí ze soudních síní. Opět se po čase k němu vracíme a nabízíme vám výběr zajímavých rozsudků správních soudů. Zmíněné judikatuře jsme se v našem časopise již několikrát věnovali, a to v číslech 6/2019, 3/2022 a 3/2024. V úvodu tedy provedeme shrnutí dříve komentovaných rozsudků.

Jak správně uvedl městský soud, daňové orgány ve zprávě o daňové kontrole, resp. v rozhodnutí žalovaného, odkryly obchodní řetězec, v rámci něhož byla předmětná vozidla přeprodávána. Identifikovaly, že společnost UNILEASING a.s. vykázala dodání vozidel na Slovensko kupujícímu ARCHER SK, ten vykázal dodání těchto vozidel J. Č., který ale již na počátku jednal s nájemcem vozidel ARCHER CZ s úmyslem odkoupit vozidla z EU, aby dle svého vyjádření nemusel platit daň. Zjevný úmysl neplatit daň byl prokázán i u společností UNILEASING a ARCHER SK, neboť bylo prokázáno, že vozidla byla dopravena z České republiky pouze za hranice Slovenska a pak vrácena zpět do České republiky, tedy šlo o účelovou přepravu. Přepravu zajišťovala společnost SHERIDAN, která je personálně propojena se společnostmi ARCHER CZ i ARCHER SK. J. Č. poté vozidla prodal stěžovatelce, daň přiznal, avšak nezaplatil. J. Č. získal finance na nákup vozidel od stěžovatelky, která ovšem částku připadající na nákup vozidel zaslala přímo společnosti ARCHER SK, částku připadající na DPH zaslala J. Č. Následně stěžovatelka vozidla odkoupila od J. Č. a prodala je do Německa společnosti AVEX, která byla personálně propojena se společností ARCHER CZ.

Jednoznačně souhlasím s procesy digitalizace postupů a odpovědnosti poplatníka, ale došlo k následující situaci: k 15. 3. 2025 je splatná záloha DPPO, záloha je ve významné výši. Účetní opomene platbu odeslat. FÚ vystaví splatný příkaz na úroky z prodlení, který ovšem uloží jen do osobní schránky poplatníka s poznámkou „nedoručuje se“. K 24. 4. 2025 po zjištění chyby je úrok z prodlení, který bude zřejmě dopočten, významně vyšší než byl k 31. 3. 2025. Ano, poplatník má své povinnosti, ale kdyby byl vystavený doměrek řádně odeslán do datové schránky, nebyla by škoda v tak významné výši. Takto poplatníka napadá, že jde o finanční hru ... víme o tom, že dlužíš, dáme ti na vědomí na váš osobní účet, který není povinnost mít, ale budeme "potichu" a úroky krásně narůstají. Poplatník se snaží být aktivní, dodržovat co dodržovat má, ale je trestán za to, že nechodí každý týden na osobní účet? Snažil jsem se v daňovém řádu najít, zda když je vystaven úrok z prodlení k určitému datu, je jen uložen na portál Moje daně, nebo zda by měl FÚ poslat výměr i do datové schránky klienta (zástupce). Vyčíslené úroky k 31. 3. byly 18 000 Kč, ke dni zjištění budou 88 000 Kč. 

Ne vždy se časové možnosti jednotlivých účastníků daňových řízení shodují s představami toho, kdo jednání nařizuje. V některých případech však naopak dochází k obstrukcím a účelovým omluvám způsobeným snahou prodlužovat příslušné řízení či k přeceňování osobních důvodů pro neúčast na jednání. Judikatuře správních soudů v této oblasti se budeme věnovat v následujícím příspěvku.

Oznámení o ukončení daňové kontroly je způsobilé být předmětem přezkumného řízení ve smyslu § 121 a násl. daňového řádu .

Zmínka o daňové kontrole vyvolává mezi podnikateli různé reakce. Téměř vždy se přitom jedná o reakce negativní. Daňová kontrola totiž pro mnoho podnikatelů představuje několik let probdělých a bezesných nocí. I když nakonec skončí kontrola bez nálezu, zpravidla to pro podnikatele znamená nemalé administrativní náklady. Jak se ale bránit, když je kontrola zahájena nebo ukončena nezákonně? Nejvyšší správní soud se tak v nedávném rozsudku zabýval otázkou, zdali je možné oznámení o ukončení kontroly posuzovat v rámci přezkumného řízení podle daňového řádu. Přitom ale otevřel dveře novému náhledu na problematiku daňových kontrol.

Spory o prokazatelnost služebních jízd či cest a výdajů s nimi spojených jsou častou oblastí střetů mezi poplatníky a správci daně. Judikatuře z této oblasti je věnován následující příspěvek. V úvodu provedeme tradiční shrnutí rozsudků z obdobných příspěvků, které jsme už v našem časopise zveřejnili dříve (články „Nad problémy spojenými s knihou jízd“ č. 11/2009 a „Kniha jízd a obdobná problematika v judikatuře správních soudů“ č. 5/2023). Garážování služebních vozidel společností s ručením omezeným (dále jen „s. r. o.“) v místech bydliště jejich jednatelů bylo předmětem rozsudku Nejvyššího správního soudu čj. 2 Afs 185/2006-49 ze dne 31. 5. 2007. Jednatelé firmy jezdili služebními vozidly do práce a zpět. Finanční orgány tuto situaci posoudily jako poskytnutí vozidla zaměstnanci pro služební i soukromé účely a požadovaly dodanění ve výši 1 % z pořizovací ceny vozidla měsíčně. Nejvyšší správní soud (dále také „NSS“) došel k závěru, že samotný fakt, že garáže jsou v místě bydliště zaměstnanců, ještě nedělá z jízd jednatelů z kanceláře do garáže soukromé jízdy.

Ačkoliv tedy žalovaný zahájil daňovou kontrolu až na konci lhůty pro stanovení daně, zjevně nejednal bez předchozího uvážení a překotně, jak tvrdí stěžovatel. Ovšem i kdyby tak učinil, nemohlo by to samo o sobě mít za následek závěr o formálnosti zahájení daňové kontroly, jestliže žalovaný, jak bude dále popsáno, ve smyslu § 87 odst. 2 správního řádu , v aktuálním znění, v provádění daňové kontroly řádně pokračoval.

Při daňové kontrole chybí podnikateli doklad o likvidaci myčky a jejím odevzdání do sběrného dvora. Takto bylo uvedeno v kartě majetku při vyřazení. Lze takový doklad nějak nahradit, např. čestným prohlášením, že myčku předal do sběrného dvora, ale nebylo vydáno potvrzení?