Nezahájení postupu k odstranění pochybností

Se stěžovatelkou lze obecně souhlasit, že daňový řád upravuje formalizované kontrolní postupy sloužící k prověřování plnění daňových povinností ze strany daňových subjektů tak, aby bylo dosaženo cíle správy daní, jímž je správné zjištění a stanovení daně (srov. § 1 odst. 2 daňového řádu). Jsou jimi postup k odstranění pochybností a daňová kontrola. Pokud daňový řád předvídá pro zjištění či ověření řádného splnění daňové povinnosti určitý formalizovaný postup, je správce daně povinen jej aplikovat, a to způsobem, který zákon stanoví. Hovoří-li důvodová zpráva k daňovému řádu (viz důvodová zpráva k vládnímu návrhu zákona ze dne 15. 12. 2008, sněmovní tisk č. 685) o tom, že „jde o postup (ucelený soubor úkonů), který je v tomto případě fakultativně realizován v rámci nalézacího řízení“, je třeba tuto fakultativnost spatřovat toliko v úvaze správce daně, zda přistoupí k vlastnímu ověřování tvrzené daňové povinnosti a jakým konkrétním kontrolním postupem tak učiní, nikoliv však, zda bude vůbec některý ze zákonem upravených kontrolních postupů aplikovat nebo bude postupovat zcela mimo tato zákonem stanovená kontrolní pravidla.

Nezahájením postupu k odstranění pochybností se tedy správce daně dopustil pochybení, neboť nepostupoval striktně dle litery zákona. Dle názoru Nejvyššího správního soudu nicméně nelze považovat toto pochybení správce daně za natolik zásadní porušení zákona v ustanoveních o řízení před správním orgánem, pro které měl krajský soud napadené rozhodnutí žalovaného zrušit. Kvalitativně, především pak z hlediska zachování práv daňového subjektu, se totiž postup správce daně, kterým vedl vyměřovací řízení, v konečném důsledku nijak neodlišoval od toho, jakým by byl povinen postupovat při formálním zahájení postupu k odstranění pochybností.