Trestní řízení i daňové řízení jsou samostatná řízení, která probíhají, aniž by jedno řízení bylo podmíněno řízením druhým. Každé z nich má vlastní procesní pravidla, zcela jiný předmět řízení a především vlastní skutkové podstaty; jak již bylo uvedeno výše, podvod ve smyslu daňové judikatury má odlišnou skutkovou podstatu, jakož i jiná pravidla posuzování, než trestní zákoník .
Rozdílnost trestního a daňového