Ve vazbě na novelu zákona o celní správě došlo od 1. července 2025 ke snížení počtu celních úřadů, a to z původních 14 na 6. Jedná se o důsledek reorganizace, při které došlo ke sloučení několika celních úřadů.
Nově existují jen následující celní úřady:
- Celní úřad v Praze
- Celní úřad pro Středočeský kraj
- Celní úřad v Brně
- Celní úřad v Liberci
- Celní úřad v Ostravě
- Celní úřad v Plzni
Důsledkem reorganizace jsou kromě jiného i změny v místní příslušnosti celních úřadů. Tyto změny se dotýkají mnoha plátců spotřebních a energetických daní, kteří musí od července 2025 podávat přiznání na nově místně příslušný úřad. Rovněž v případě plateb je třeba si ověřit, zda nedošlo ke změně místní příslušnosti a tím ke změně bankovního spojení. Detaily ohledně plateb vůči celním úřadům po 1. červenci 2025 lze najít na stránkách celní správy.
Podnikatelům, kteří přijímají vybrané výrobky podléhající spotřební dani z jiného členského státu, nebo naopak, kteří tyto výrobky do jiného členského státu odesílají, může změna celních úřadů také přinést komplikace. I tito podnikatelé si musí ověřit, zda plní povinnosti týkající se přijetí a odeslání vybraných výrobků vůči správnému celnímu úřadu.