I přes výše uvedené, zejména skutečnost, že penále i) je koncipováno jako jednorázová peněžitá sankce, která se stanoví bez předchozího řízení, ze zákona a ve výši procentní výměry z nesprávně tvrzené daně, daňového odpočtu nebo daňové ztráty, ii) ukládá se bez ohledu na povahu konkrétního porušení daňových předpisů a iii) nepodléhá správnímu uvážení správce daně a stanovení povinnosti uhradit penále je tak „automatické“ v návaznosti na zjištění skutečností uvedených v § 251 daňového řádu (viz usnesení rozšířeného senátu NSS ze dne 26. 1. 2021, čj. 1 Afs 236/2019 - 83, č. 4141/2021 Sb. NSS , bod 50), zůstává možnost individualizace tohoto trestu zachována. Tato diskrece je dána až ve fázi promíjení dané sankce (usnesení čj. 1 Afs 236/2019 - 83, bod 54). Je tomu tak na základě § 259a (ve spojení s § 259c) daňového řádu . Děje se tak ale vždy na žádost daňového subjektu (srov. rozsudek NSS ze dne 16. 8. 2018, čj. 7 Afs 229/2018 - 29, bod 16), nikoli z vlastní inciativy správce daně. Pokud daňový subjekt takovou žádost podá, otevře tím správci daně možnost zohlednit trest uložený v trestním řízení, přičemž musí správce daně svůj závěr, v mezích zákona a požadavků na správní uvážení, řádně odůvodnit (blíže usnesení čj. 1 Afs 236/2019 - 83). Tím je v pojednávaných souvislostech učiněno zadost zachování zákazu dvojího trestání.