Důvody prominutí pokuty za kontrolní hlášení

Vydáno: 16 minut čtení

Pokuty za nesplnění povinností týkajících se kontrolního hlášení DPH jsou detailně upraveny v § 101h až 101k zákona o DPH a jejich výše se pohybuje od 1 000 Kč do 500 000 Kč v závislosti na závažnosti a okolnostech porušení. Klíčovým aspektem je možnost prominutí pokuty na základě ospravedlnitelného důvodu, přičemž rozhodování probíhá podle pokynu GFŘ-D-29 a správní úvahy správce daně. Prominutí podléhá přísným podmínkám, včetně prokazatelnosti důvodů (například zdravotní indispozice), absence závažného porušování daňových či účetních předpisů v posledních třech letech a včasného podání žádosti spolu s úhradou správního poplatku. Nově je od roku 2025 umožněno jednorázové obecné prominutí pokuty za pochybení dle § 101h odst. 1 písm. c) a d) ZDPH. Opakované porušování povinností však snižuje míru prominutí až o 50 %, případně jej zcela vylučuje. Správce daně je povinen zohlednit konkrétní okolnosti případu, povahu zdrojového jednání i intenzitu pochybení, přičemž prominutí nelze vnímat jako automatický nárok, ale jako výjimečný institut pro případy hodné zvláštního zřetele.

 

Důvody prominutí pokuty za kontrolní hlášení
Mgr. Ing.
Alena
Wágner Dugová
 
Jaká je výše pokut spojených s kontrolním hlášením?
Finanční úřady každoročně ukládají tisícům plátců pokuty za nesplnění povinností souvisejících s kontrolním hlášením. Pokuty související s kontrolním hlášením se ukládají podle pravidel a na základě ustanovení § 101h až § 101k zákona č. 235/2004 Sb., o dani z přidané hodnoty (dále jen „ZDPH“). Finanční úřad přitom plátci zasílá ke stanovené pokutě platební výměr, který obsahuje jak výši dané pokuty, tak i odůvodnění, proč byla uložena. Proti platebnímu výměru lze podat odvolání, ale pokud byla pokuta stanovena v souladu se zákonem o DPH, tak má plátce ještě možnosti zkusit požádat o prominutí, které však není automatické a pro úspěch v promíjení je nutné splnit řadu různých podmínek a naplnit také ospravedlnitelný důvod.
Výše pokut se stanoví podle ZDPH takto:
pokuta 1 tis. Kč
na základě ustanovení § 101h odst. 1 písm. a) ZDPH se ukládá v situaci, kdy plátce podá kontrolní hlášení pozdě, ale učiní tak z vlastní iniciativy, tedy bez předchozí výzvy správce daně,
pokuta 10 tis. Kč
na základě § 101h odst. 1 písm. b) ZDPH se ukládá v situaci, kdy plátce podá kontrolní hlášení až po výzvě správce daně, a to ve stanovené náhradní lhůtě,
pokuta 30 tis. Kč
na základě § 101h odst. 1 písm. c) ZDPH se ukládá v situaci, kdy plátce nepodá kontrolní hlášení na základě výzvy ke změně, doplnění či potvrzení údajů uvedených v podaném kontrolním hlášení,
pokuta 50 tis. Kč
na základě § 101h odst. 1 písm. d) ZDPH se ukládá v situaci, kdy plátce nepodá kontrolní hlášení ani ve stanovené náhradní lhůtě.
Pokuta se ukládá v poloviční výši, pokud je plátce fyzickou osobou, ke dni, ve kterém vznikla povinnost uhradit tuto pokutu je zdaňovacím obdobím plátce kalendářní čtvrtletí, nebo v situaci, kdy je plátcem společnost s ručením omezeným, která má jednoho společníka, přičemž tento společník je fyzickou osobou, přičemž pro účely posouzení splnění těchto podmínek je rozhodným dnem první den kalendářního čtvrtletí, ve kterém vznikla povinnost uhradit tuto pokutu, nebo den vzniku této společnosti, pokud tato skutečnost nastane po rozhodném dni (tedy po prvním dni kalendářního čtvrtletí).
Na základě správní úvahy může finanční úřad na základě ustanovení § 101h odst. 3 ZDPH uložit pokutu do 50 tis. Kč plátci, který na základě výzvy správce daně k odstranění pochybností nezmění nebo nedoplní nesprávné nebo neúplné údaje prostřednictvím následného kontrolního hlášení a na základě ustanovení § 101h odst. 4 ZDPH správce daně může uložit plátci, který nesplněním povinnosti související s kontrolním hlášením závažně ztěžuje nebo maří správu daně z přidané hodnoty, pokutu do 500 tis. Kč. Při ukládání těchto pokut musí správce daně dbát, aby výše nebyla v hrubém nepoměru k významu porušené povinnosti a závažnosti jejího dopadu na správu DPH a zároveň musí zohlednit míru součinnosti plátce.
Při ukládání pokut musí finanční úřad dodržovat zákonná pravidla, která byla již za dobu existence kontrolního hlášení, tedy od roku 2016, vyjasněna správní judikaturou. Finanční úřad může plnění povinností souvisejících s kontrolním hlášením vyžadovat jen do uplynutí lhůty pro stanovení daně. Zároveň lze pokutu uložit nebo rozhodnout o povinnosti ji platit nejpozději do 3 let ode dne, ve kterém došlo k porušení povinnosti. Povinnost uhradit pokutu zaniká, jestliže nebyl platební výměr, kterým je rozhodnuto o pokutě, vydán do 6 měsíců ode dne, ve kterém došlo k porušení povinnosti, přičemž šestiměsíční
prekluzivní lhůta
počíná běžet již uplynutím lhůty k podání kontrolního hlášení. Pokutu za nepodání kontrolního hlášení v náhradní lhůtě lze uložit, jen pokud měl na začátku plátce povinnost kontrolní hlášení vůbec podat. Dále platí, že je vyloučen vznik pokuty za nepodání kontrolního hlášení ve vymezených případech, což je situace, že povinnost uhradit pokutu nevzniká, pokud v daném kalendářním roce došlo u plátce při podání kontrolního hlášení poprvé k prodlení na základě ustanovení § 101h odst. 1 písm. a) ZDPH (tedy pokuta 1 tis. Kč) nebo poprvé k prodlení na základě ustanovení § 101h odst. 1 písm. b) ZDPH (tedy pokuta 10 tis. Kč).
 
Jaké jsou důvody pro prominutí pokut u kontrolního hlášení?
Obecná pravidla pro promíjení jsou obsažena v ustanovení § 259c zákona č. 280/2009 Sb., daňový řád (dále jen „daňový řád“) a dále speciální pravidla jsou obsažena přímo v zákoně o DPH v ustanovení § 101k ZDPH. Konkrétní pravidla pro promíjení jsou pak obsažena v rámci pokynu GFŘ-D-29 k prominutí pokut za nepodání kontrolního hlášení (dále jen „pokyn k promíjení“). Promíjet je možné pokutu podle § 101h odst. 1 písm. b) až d) ZDPH, tedy lze žádat o prominutí pokuty ve výši 10 tis. Kč, 30 tis. Kč a 50 tis. Kč či takovou pokutu stanovenou ve vybraných situacích v poloviční výši. Lhůta pro podání žádosti o prominutí jsou 3 měsíce ode dne nabytí právní moci platebního výměru k pokutě a podání žádosti o prominutí má u kontrolního hlášení odkladný účinek. Žádost o prominutí pokuty je zpoplatněna a správní poplatek činí 1 tis. Kč podle přílohy zákona č. 634/2004 Sb., o správních poplatcích, Sazebníku, části I, položky 1, bodu 1, písm. c). Rozhodnutí o prominutí nelze napadnout odvoláním, ale obrana je možná formou žaloby u správního soudu. Plátce je povinen prokázat skutečnosti uvedené v žádosti důkazními prostředky prokazujícími jeho tvrzení, pokud nejsou obsahem samotného daňového spisu.
Finanční úřad může pokutu prominout zcela nebo zčásti, pokud k nepodání došlo z důvodu, který lze s ohledem na okolnosti konkrétního případu považovat za ospravedlnitelný a při rozhodování není vázán návrhem žadatele. Samotné ospravedlnitelné důvody jsou pak uvedeny v pokynu k promíjení. Podstatnou novinkou od roku 2025 bylo zavedení obecného prominutí jednoho pochybení vztahujícího se k plnění povinností u kontrolního hlášení a zakládajícím vznik pokuty pro pokuty stanovené podle § 101h odst. 1 písm. c) a d) ZDPH.
Při posuzování žádosti o prominutí finanční úřad kromě ospravedlnitelných důvodů zohledňuje i další skutečnosti, jako je závažné porušování daňových nebo účetních předpisů, povaha zdrojového jednání a četnost porušování povinností při správě daní daňovým subjektem. Z hlediska závažného porušování daňových nebo účetních předpisů je promíjení vyloučeno, pokud daňový subjekt nebo osoba, která je členem jeho statutárního orgánu, v posledních 3 letech závažným způsobem porušil daňové nebo účetní právní předpisy, přičemž jestliže právnická osoba závažným způsobem poruší daňové nebo účetní právní předpisy, hledí se pro účely posouzení splnění této podmínky na osobu, která byla v době tohoto porušení v této právnické osobě členem statutárního orgánu, jako by je také porušila. Příkladem pro vyloučení možnosti promíjení je situace, kdy je subjekt nespolehlivým plátcem. Dále je správce daně v rámci posuzování rozsahu prominutí příslušenství oprávněn zohlednit při rozhodování také povahu, intenzitu či jiné okolnosti zdrojového jednání, a pokud správce daně dojde k závěru, že povaha, intenzita či jiné okolnosti zdrojového jednání (např. zneužití práva, daňové zastírání, vědomá účast na daňovém podvodu apod.) vylučuje prominutí pokuty, pak může žádost zamítnout. Výše prominuté pokuty je také snížena o 50 %, pokud jsou naplněny vymezené důvody, jako je například, že daňový subjekt měl v posledních třech letech více než jeden daňový nedoplatek, vůči kterému správce daně zahájil daňovou exekuci.
Generální finanční ředitelství v pokynu D-29 uvádí skutečnosti zakládající ospravedlnitelný důvod nesplnění povinnosti sankcionovanému pokutou a stanoví jejich procentuální vyjádření.
Pokyn k promíjení také uvádí, že „
výše uvedené
relevantní
skutečnosti, které jsou podřazeny pod pojem,ospravedlnitelného důvodu‘ ve smyslu § 101k odst. 2 ZDPH jsou nastaveny dostatečně široce a objektivně, nicméně není vyloučeno, že při posuzování konkrétního případu správce daně dospěje k závěru, že lze prominout i z důvodu v pokynu neuvedeného. Mělo by jít však o zcela výjimečný případ, který je z lidského hlediska omluvitelný a z hlediska materiálního představuje prohřešek spíše formalistický. Možnost docílit prominutí pokuty by tak neměla svědčit daňovým subjektům, které se do situace nesplnění povinnosti podat kontrolní hlášení dostaly v důsledku vlastní liknavosti, nezodpovědnosti či úmyslného jednání. Prominutí pokuty by nemělo s ohledem na zásadu legitimního očekávání způsobit, že na nepodání kontrolního hlášení nebude nahlíženo jako na prohřešek. I nadále musí být zachováno pravidlo, že neplnění zákonné povinnosti má své konsekvence v podobě následku za porušení povinnosti při správě daní. Prominutí pokuty proto nemůže sloužit k setření rozdílu mezi těmi, kteří své povinnosti plní řádně a včas, a těmi, kteří je neplní“.
Příklad 1
Promíjení pokuty kvůli zdravotním důvodům
Fyzická osoba podniká jako osoba samostatně výdělečně činná a je dobrovolným plátcem s čtvrtletním zdaňovacím obdobím. Daňová tvrzení si podává sama. Plátce podal kontrolní hlášení za třetí čtvrtletí roku 2025 pozdě, protože dne 20. 10. 2025 byl plátce hospitalizován v nemocnici z důvodu krvácení do mozku. Kontrolní hlášení nebylo podáno ani v náhradní 5denní lhůtě po výzvě. Finanční úřad zaslal 14. 3. 2026 platební výměr na pokutu ve výši 25 tis. Kč podle § 101h odst. 1 písm. d) ZDPH ve spojení s § 101h odst. 2 ZDPH. Plátce se vzbudil z umělého spánku až 20. 3. 2026 a jakmile vstoupil 28. 3. 2026 do datové schránky zhrozil se této pokuty a plánuje finanční úřad požádat o prominutí. Plátce dosud plnil své daňové i účetní povinnosti. Lze pokutu prominout?
V případě naplnění podmínek v pokynu k promíjení, lze prominout 100% pokuty, protože šlo o zdravotní důvod. Žádost je třeba podat včas a uhradit správní poplatek. Jako důkazní prostředek k prokázání zdravotního stavu lze doložit například určitou zdravotnickou dokumentaci a potvrzení o hospitalizaci.
Příklad 2
Četné porušování při správě daní
Týden před koncem lhůty pro podání kontrolního hlášení byl daňový subjekt akutně na týden hospitalizován v nemocnici a kontrolní hlášení nebylo podáno ve lhůtě pro jeho podání, avšak bylo tak učiněno v náhradní lhůtě poté, co k tomu byl daňový subjekt vyzván správcem daně dle ustanovení § 101g odst. 1 ZDPH. V rámci řízení o prominutí pokuty za nepodání kontrolního hlášení správce daně zjistil, že v posledních 3 letech byla daňovému subjektu čtyřikrát pravomocně uložena pokuta za opožděné tvrzení daně dle § 250 daňového řádu. Lze prominout?
Za naplnění ospravedlnitelného důvodu, což jsou zdravotní důvody, přísluší daňovému subjektu ohodnocení 100 %, ale za četné porušování povinností při správě daní bude odečteno 50 % z promíjení. Pokyn k promíjení uvádí, že z prominutí se odečte 50 %, pokud v posledních 3 letech byla daňovému subjektu alespoň dvakrát pravomocně uložena pokuta za opožděné tvrzení daně dle § 250 daňového řádu. Proto bude plátci prominuto 50 % z celkové výše pokuty za nepodání kontrolního hlášení.
Příklad 3
Nesprávně stanovená pokuta a promíjení
Finanční úřad zaslal fyzické osobě plátci s měsíčním zdaňovacím obdobím dne 10. 2. 2026 platební výměr na pokutu stanovenou na základě ustanovení § 101h odst. 1 písm. d) ZDPH ve výši 50 tis. Kč za porušení povinností souvisejících s kontrolním hlášením, kdy plátce dle odůvodnění z platebního výměru nepodal řádné kontrolní hlášení ve stanovené lhůtě ani ve lhůtě stanovené ve výzvě za zdaňovací období říjen 2025. Plátce namísto XML souboru s kontrolním hlášením vložil do datové schránky úplně jiný soubor, který ani nesouvisel s daněmi a podání nazval jako „podání“. Přiznání k DPH podal v pořádku v separátní datové zprávě. Na výzvu k podání kontrolního hlášení plátce nereagoval, protože výzva byla doručena fikcí, když byl na dovolené. Plátce za říjen 2025 měl povinnost podat kontrolní hlášení, protože vykázal zdanitelné plnění podléhající základní sazbě DPH. Kontrolní hlášení za září 2025 plátce podal až 12. 2. 2026. U plátce jde o první prohřešek v daňové oblasti. Lze pokutu prominout?
V daném případě měla být uložena pokuta v poloviční výši tedy ve výši 25 tis. Kč, protože se jedná o fyzickou osobu. Plátce může podat odvolání do 30 dnů ode dne doručení platebního výměru na pokutu související s kontrolním hlášením. Po obdržení rozhodnutí o odvolání pak může plátce zkusit požádat o prominutí do 3 měsíců od právní moci rozhodnutí o prominutí pokuty, z důvodu možnosti jednoho obecného prominutí, protože jde o pochybení podle ustanovení § 101h odst. 1 písm. c) a d) ZDPH. Pokud bude podána žádost ve lhůtě a bude uhrazen správní poplatek a plátce naplní podmínky stanovené v pokynu k promíjení, pokuta bude prominuta.
Příklad 4
Promíjení kvůli nedodržení lhůty
Dne 10. 11. 2025 zaslal finanční úřad společnosti s ručením omezeným s měsíčním zdaňovacím obdobím do datové schránky výzvu k podání následného kontrolního hlášení za zdaňovací období září 2025, jelikož na základě údajů v řádném kontrolním hlášení vznikly pochybnosti o správnosti nebo úplnosti údajů. Finanční úřad zaslal výzvu ke změně nebo doplnění údajů, popřípadě k potvrzení původních údajů. Den dodání výzvy do datové schránky byl 10. 11. 2025 a plátce vstoupil do datové schránky dne 18. 11. 2025, kdy si písemnosti přečetl. Plátce reagoval na výzvu 30. 11. 2025, kdy podal následné kontrolní hlášení se změnou daňových identifikačních číslech odběratelů. Finanční úřad stanovil pokutu za pozdní podání následného kontrolního hlášení ve výši 30 tis. Kč a zaslal dne 10. 1. 2026 platební výměr k pokutě. Lze pokutu prominout?
Plátce měl reagovat na výzvu na základě ustanovení § 101g odst. 3 ZDPH do 17 dnů ode dne dodání výzvy, přičemž v tomto případě u následného kontrolního hlášení po výzvě se lhůta počítá ode dne dodání do datové schránky (tedy odeslání finančním úřadem) a nikoli až ode dne doručení výzvy. Poslední den ve lhůtě byl 27. 11. 2025, a proto bylo následné kontrolní hlášení podáno pozdě a pokuta ve výši 30 tis. Kč byla stanovena správně dle ZDPH. Plátce může požádat o prominutí na základě možnosti obecného prominutí, protože jde o pochybení podle ustanovení § 101h odst. 1 písm. c) a d) ZDPH. Pokud bude podána žádost ve lhůtě a bude uhrazen správní poplatek a plátce naplní podmínky stanovené v pokynu k promíjení, pokuta bude prominuta.
Příklad 5
Promíjení kvůli nedodržení lhůty, kdy potvrzuje správnost
Dne 10. 11. 2025 zaslal finanční úřad společnosti s ručením omezeným s měsíčním zdaňovacím obdobím do datové schránky výzvu k podání následného kontrolního hlášení za zdaňovací období září 2025, jelikož na základě údajů v řádném kontrolním hlášení vznikly pochybnosti o správnosti nebo úplnosti údajů. Finanční úřad zaslal výzvu ke změně nebo doplnění údajů, popřípadě k potvrzení původních údajů. Den dodání výzvy do datové schránky byl 10. 11. 2025 a plátce vstoupil do datové schránky dne 18. 11. 2025, kdy si písemnosti přečetl. Plátce reagoval na výzvu 30. 11. 2025, kdy podal potvrzení o správnosti naposledy podaného kontrolního hlášení. Finanční úřad stanovil pokutu za pozdní podání následného kontrolního hlášení ve výši 30 tis. Kč a zaslal dne 10. 1. 2026 platební výměr k pokutě. Lze pokutu prominout?
Plátce může požádat o prominutí z důvodu, že podal následné kontrolní hlášení jako reakci na výzvu ke změně, doplnění či potvrzení údajů (§ 101g odst. 2 ZDPH) po uplynutí stanovené lhůty (§ 101g odst. 3 ZDPH) s tím, že potvrzuje správnost naposledy podaného kontrolního hlášení. Tento ospravedlnitelný důvod se použije, pokud daňovému subjektu povinnost změnit nebo doplnit údaje skutečně nevznikla, u pokuty stanovené dle § 101h odst. 1 písm. c) ZDPH, pokud je předmětné následné kontrolní hlášení podáno nejpozději 5. pracovní den po uplynutí stanovené lhůty pro jeho podání. Pokud bude podána žádost ve lhůtě a bude uhrazen správní poplatek a plátce naplní podmínky stanovené v pokynu k promíjení, pokuta bude prominuta.
 
Závěr
Plátci by měli věnovat plnění povinností u kontrolního hlášení maximální pozornost, protože prominutí pokuty je podmíněné splněním přísných kritérií. V případě pochybení je potřeba podat žádost včas a naplnit vymezený ospravedlnitelný důvod, přičemž zároveň je důležité dlouhodobě dodržovat daňové povinnosti, protože opakovaná porušení výrazně snižují šanci na prominutí či redukují promíjení.