Dodavatel z Německa a doklad s DPH

Plné znění otázky

Česká firma, plátce DPH nakoupila v Německu zboží, které jí bylo vyfakturováno s německým DPH. Zboží nakoupila přes internetový obchod. Zboží bylo dodáno z Hannoveru do Žitavy. Ze Žitavy ho převzala česká přepravní kancelář a přivezla firmě do ČR. Zboží bylo zaplaceno přes PayPal, tedy včetně německého DPH, faktura byla přiložena ke zboží. Německá firma odmítla vystavit daňový doklad bez DPH s tím, ať si ji vyžádá česká firma dle vyhlášky. Účetní se domnívá, že je tento postup nesprávný s odkazem na to, že DPH musí být sice vybráno v souladu se zákonem, ale pokud dle zákona o DPH, resp. Směrnice EU nemělo být vybráno vůbec, neboť se jedná o reverse-charge, tak o něj nelze FÚ v Německu požádat. Jaký je správný postup? Jak má účetní zaúčtovat fakturu z Německa k 31. 12. 2013, když již celou částku zaplatila? Jak postupovat při podání DP k DPH?