Zmínka o daňové kontrole vyvolává mezi podnikateli různé reakce. Téměř vždy se přitom jedná o reakce negativní. Daňová kontrola totiž pro mnoho podnikatelů představuje několik let probdělých a bezesných nocí. I když nakonec skončí kontrola bez nálezu, zpravidla to pro podnikatele znamená nemalé administrativní náklady. Jak se ale bránit, když je kontrola zahájena nebo ukončena nezákonně? Nejvyšší správní soud se tak v nedávném rozsudku zabýval otázkou, zdali je možné oznámení o ukončení kontroly posuzovat v rámci přezkumného řízení podle daňového řádu. Přitom ale otevřel dveře novému náhledu na problematiku daňových kontrol.
Právní povaha oznámení v rámci daňové kontroly
Mgr.
Richard
Hajdučík
(podle rozsudku Nejvyššího správního soudu ze dne 15. dubna 2025, čj.
5 Afs 247/2024-22
a rozsudku Nejvyššího správního soudu ze dne 15. dubna 2025, čj.
6 Afs 227/2024-28
)
Předčasně ukončená kontrola
V daném případě kontroloval finanční úřad u společnosti několik zdaňovacích období na dani z přidané hodnoty. Po necelých devíti měsících přistoupil k ukončení daňové kontroly a doměření daně. Těsně před doručením oznámení o ukončení kontroly se ale společnost vyjádřila k dosavadnímu výsledku kontrolního zjištění. Toto podání již ale finanční úřad v rámci zprávy o daňové kontrole nezohlednil, přestože tak podle daňového řádu musí učinit. Společnost se tak proti tomuto postupu ohradila četnými podáními k Odvolacímu finančnímu ředitelství, jakožto nadřízenému orgánu.
Odvolací finanční ředitelství vyhodnotilo tato podání jako podnět k zahájení přezkumného řízení. Jedná se o řízení, v rámci kterého může nadřízený orgán z vlastní iniciativy přezkoumat rozhodnutí učiněné podřízeným orgánem. V postupu finančního úřadu shledalo Odvolací finanční ředitelství chybu, ale nerozhodlo zcela podle představ společnosti. Místo zrušení platebního výměru totiž odvolací orgán zrušil oznámení o ukončení daňové kontroly a nařídil její další pokračování. Společnost se proto obrátila se zásahovou žalobou na soud.
Před soudem společnost namítala, že rozhodnutí Odvolacího finančního ředitelství je nicotné. Odvolací orgán totiž vůbec neměl pravomoc ohledně oznámení o ukončení daňové kontroly přezkumné řízení zahájit. Oznámení o ukončení daňové kontroly nemá dle názoru společnosti povahu rozhodnutí, jelikož pouze předává informace daňovému subjektu a nezasahuje do jeho práv a povinností.
Vývoj právní úpravy
Právní úprava totiž tradičně vycházela z toho, že v rámci daňové kontroly se nevydávají formalizované úkony. Dříve byla daňová kontrola zahajována prvním úkonem správce daně ve věci. Přípustné bylo bránit se se proti nezákonnému zahájení kontroly zásahovou žalobou. Změnu ale přinesla novela daňového řádu, která naopak od roku 2021 uzákonila formalizované zahajování a ukončování daňových kontrol. Nejvyšší správní soud se ale doposud povahou těchto formalizovaných oznámení výslovně nezabýval.
Nekonzistentnost rozhodovací praxe
Podobné spory ale v rozhodné době došly ke krajským soudům. Ty ale nebyly ve své rozhodovací praxi jednotní, a rozvinuly se tak dva hlavní názorové proudy.
První názorový proud dovozoval, že oznámení jsou rozhodnutí, a je tak možné přezkumné řízení provést. V odůvodnění soud odkazoval na důvodovou zprávu novely daňového řádu. Ta uvádí, že institut oznámení v rámci daňové kontroly má povahu zvláštního procesního rozhodnutí.
Druhý názorový proud argumentoval zejména tím, že oznámení nezakládá, nemění, neruší ani závazně neurčuje práva a povinnosti daňových subjektů. Tím tak navázal na dřívější judikaturu Nejvyššího správního soudu, podle které nejsou oznámení rozhodnutími podle soudního řádu správního, a není proto možné bránit se proti nim žalobou proti rozhodnutí. Aby bylo oznámení rozhodnutím podle daňového řádu, muselo by určitým způsobem zasahovat do právní sféry jednotlivce. K tomu ale zpravidla dochází až následným prováděním kontrolní činnosti, případně vydáním platebního výměru. Důvodová zpráva podle názoru soudu nedostatečně povahu oznámení odůvodňovala.
Soudní řízení
Městský soud se s argumentací společnosti zcela ztotožnil. Dovodil, že pokračování v daňové kontrole bylo nezákonným zásahem. Městský soud se tak přiklonil k závěru, že oznámení o ukončení daňové kontroly není rozhodnutím. Ztotožnil se tak s druhým názorovým proudem, zejména s ohledem na podrobnost argumentace soudu. Rozhodnutí Odvolacího finančního ředitelství tak trpělo nicotností, jelikož vůbec nemělo pravomoc v takové věci rozhodnout. Proti oběma rozsudkům, které specifikovaly různé náhledy na věc, ale v rozhodné době probíhalo řízení o kasační stížnosti.
I v tomto případě se tak Odvolací finanční ředitelství rozhodlo brojit proti tomuto rozhodnutí u Nejvyššího správního soudu. V rámci svého odůvodnění přitom přišlo s novou argumentací. S touto argumentací se na rozdíl od soudu nižšího stupně Nejvyšší správní soud zcela ztotožnil.
Soud tak opřel povahu oznámení při daňové kontrole o doslovnou textaci zákona. Proti oznámením není totiž podle daňového řádu možné uplatnit jakékoli opravné prostředky. Jedním z opravných prostředků je odvolání, kterým je ale možné napadnout jedině rozhodnutí. Soud tak poukázal na zjevnou vůli zákonodárce, který považoval oznámení při daňové kontrole za rozhodnutí. Jinak by totiž omezení přípustnosti opravných prostředků postrádalo význam. Oznámení o zahájení a ukončení daňové kontroly navíc podle zákona neobsahuje odůvodnění. Toto omezení by opět postrádalo smysl, jelikož odůvodnění ve smyslu daňového řádu obsahují zásadně jen rozhodnutí. Odvolací orgán rovněž uvedl, že oznámeními může dojít ke vzniku a zániku práv spojených s daňovou kontrolou. Půjde zejména o povinnost daňového subjektu umožnit provedení kontroly nebo jeho právo být kontrole přítomen.
Jak se tedy bránit?
Ačkoli se soud věnoval pouze povaze oznámení pro účely přezkumného řízení, Nejvyšší správní soud částečně otevřel nový náhled na toto téma. Pokud je totiž oznámení rozhodnutím podle daňového řádu, nabízí se, že by bylo rozhodnutím i podle soudního řádu správního. To by ale znamenalo překonání dosavadní judikatury, která v případě nezákonně zahájené daňové kontroly připouštěla podání zásahové žaloby. Současně rozhodovací praxe rozlišovala, jakou intenzitu má porušení právních předpisů v rámci daňové kontroly. Zásahová žaloba mohla být přípustná jedině tehdy, pokud byla shledána vysoká intenzita nezákonnosti. Typicky šlo o případy, kdy právo státu na stanovení daně již zaniklo nebo pokud správce daně opakoval daňovou kontrolu bez zjištění jakýchkoli nových poznatků.
Pokud byla naopak intenzita nízká (např. nevyslechnutí navržených svědků), soud žalobě zpravidla nevyhověl. Zásah musí být totiž podle zákona naléhavý. Pokud nebyla tato naléhavost dána, zpravidla měl daňový subjekt vyčkat do vydání konečného rozhodnutí ve věci a bránit se proti němu odvoláním a následně žalobou proti rozhodnutí.
Byť není definice rozhodnutí podle soudního řádu správního a podle daňového řádu shodná, je velice podobná. Část odborné literatury má již dnes jasno v tom, že proti oznámení o zahájení daňové kontroly je přípustná žaloba proti rozhodnutí, pokud je žaloba nezákonná již od samotného počátku (Lichnovský, 2024, s. 373). Finanční správa si ale i nadále stojí za tím, že způsobem obrany by měla být stížnost nebo zásahová žaloba (Rozehnal, 2024, § 87).
Pokud by převážil závěr, že je oznámení o zahájení daňové kontroly rozhodnutím, nebylo by to příliš příznivé pro finanční správu. V případě prohlášení nezákonného zásahu není totiž dotčena zákonnost daňové kontroly jako celku. Všechny případné získané důkazy v tomto řízení jsou tak zákonně získané. To by ale neplatilo, pokud by bylo zrušeno přímo oznámení o zahájení daňové kontroly pro nezákonnost. V takovém případě totiž nebyla daňová kontrola nikdy zahájena a nemohly být v jejím rámci provedeny žádné důkazy.
Podnikatelé se ale nemusí obávat, že by mohl být jejich spor zamítnut pro zvolení nesprávného žalobního typu. Určitou záchrannou síť totiž v tomto ohledu představuje judikatura Ústavního soudu. Ta totiž dovodila, že v případě, že žalobce zvolí nesprávný žalobní typ v rámci soudního správního procesu, má soud povinnost žalobce o této skutečnosti poučit. Žalobce tak musí dostat prostor, aby žalobu upravil, a reagoval tak na odlišný právní názor soudu. Pokud by soud žalobce nepoučil, jednalo by se o překvapivé rozhodnutí, což by způsobovalo jeho nezákonnost. Osvědčenou technikou některých právních zástupců je rovněž podání více žalob současně. Žalobci pak nehrozí, že by mohla být žaloba zamítnuta pro nesprávný žalobní typ. Na druhou stranu to ale pro společnost představuje vyšší soudní poplatek.
Závěr
Přestože tak Nejvyšší správní soud otevřel prostor novému pohledu na oznámení při daňových kontrolách, na kompletní judikaturu si budeme muset ještě nějaký čas počkat.
Judikát
je pouze první pomyslnou vlaštovkou v této oblasti. V uvedených rozsudcích totiž Nejvyšší správní soud poznamenal, že nepředjímá, zdali tato rozhodnutí mohou být rozhodnutími ve smyslu soudního řádu správního. Posun judikatury v tomto ohledu by tak přinesl vyšší míru ochrany podnikatelům. Na druhou stranu by tento výklad ztěžoval postavení finančních úřadů při správě daní. Cesta k nové rozhodovací praxi tak rozhodně nebude jednoduchá.