Prekluze ve vztahu ke kontrolám a daňovým přiznáním - výběr z judikatury správních soudů

Z rozsudku Nejvyššího správního soudu ze dne 15. 12. 2017, čj. 8 Afs 151/2016-54, jsme se dozvěděli, že Výsledkem kauzy řešené NSS 25. 7. 2019 pod čj. 10 Afs 182/2018-42 je závěr: (ústavní stížnost proti tomuto rozsudku byla pod čj. I. ÚS 3252/19 ze dne 17. 12. 2019 odmítnuta).

Pochybnosti ohledně platnosti plné moci pro daňového poradce řešil NSS dne 14. 6. 2007 pod čj. 5 Afs 104/2006-73. Žalobce namítal, že kontrola byla nezákonně zahájena s daňovým poradcem, kterému zrušil plnou moc, a odvozoval z toho uplynutí prekluzivní lhůty. Nejvyšší správní soud však nepovažoval plnou moc za zrušenou a kasační stížnosti nevyhověl. K případu řešeném NSS dne 26. 2. 2020 pod čj. 10 Afs 268/2019-53 byla zveřejněna ve Sbírce rozhodnutí NSS 5/2020 pod č. 4005/2020 právní věta:

I s dalším rozsudkem NSS ze dne 25. 5. 2016, čj. 2 Afs 22/2016-43, jsme se mohli seznámit ve Sbírce rozhodnutí NSS 7-8/2016 pod č. 3417/2016:

I rozsudek NSS ze dne 30. 4. 2015, čj. 2 Afs 1/2015-49, se objevil ve Sbírce rozhodnutí č. 7-8/2015 pod č. 3245/2015 s právní větou:

Podobnou problematikou se zabýval rozsudek Nejvyššího správního soudu ze dne 14. 1. 2022, čj. 3 Afs 319/2020-34, se závěrem, že . Daňovou kontrolu tudíž v takovém případě může správce daně zahájit pouze v původní lhůtě pro stanovení daně, jinak může dojít k prekluzi. V rozsudku NSS ze dne 14. 6. 2017 pod čj. 1 Afs 362/2016-36 byly zachyceny následující okolnosti:

Nejvyšší správní soud dne 6. 5. 2021 pod čj. 7 Afs 380/2020-30 řešil situaci, kdy byl daňový subjekt vyzván správcem daně k podání daňového přiznání, neboť jeho původní podání vyhodnotil finanční úřad jako neúčinné. Tato výzva byla později soudem označena jako nezákonná, stejně tak jako první rozhodnutí o odvolání. Nejvyšší správní soud však konstatoval, že

Dne 16. 9. 2021 pod čj. 3 Afs 160/2019-34 NSS odmítl pokus stěžovatele, který se snažil tvrdit, že při kontrole daně ze závislé činnosti u zaměstnavatele (plátce daně) by se měl běh prekluzivní lhůty posuzovat podle prekluzivní lhůty u zaměstnanců (poplatníků daně).

Z rozsudku Nejvyššího správního soudu ze dne 17. 6. 2021, čj. 7 Afs 241/2019-52, plyne, že správce daně si sice vyžádal v úvodním protokolu předložení účetnictví a dokladů, ze spisu však nebylo zřejmé, kdy k němu došlo a zda nějak předložení požadované dokumentace vymáhal, k dispozici byl pouze neprůkazný úřední záznam. Nejvyšší správní soud proto přikázal doplnit dokazování o skutečnost, kdy byly požadované doklady prokazatelně finančnímu úřadu předány, a pokud se to nepodaří, pak bude zahájení kontroly chápáno pouze jako formální, bez spuštění nové prekluzivní lhůty. V rozsudcích Nejvyššího správního soudu ze dne 18. 6. 2021, čj. 5 Afs 21/2020-56, i ze dne 29. 7. 2021, čj. 9 Afs 168/2019, (Pokud kontrola byla zahájena 10. 9. 2014, pak uplynula 10. 9. 2017. Jestliže byl platební výměr doručen až 11. 9. 2017, bylo již po prekluzi).

V případu ze dne 1. 7. 2021, čj. 5 Afs 154/2020-24, posuzoval NSS situaci, kdy žalobce podal daňové přiznání, u kterého měla být daň vyměřena konkludentně, neboť bylo správné. Finanční úřad to však neučinil a později vydal platební výměr, který žalobci doručil. Dodatečné daňové přiznání a jeho vliv na prekluzi zkoumal NSS dne 2. 5. 2023 pod čj. 1 Afs 284/2022-38.

plyne z rozsudku Nejvyššího správního soudu ze dne 19. 7. 2023, čj. 9 Afs 209/2022-42. Pokud daňový subjekt na výzvu správce daně k podání dodatečného přiznání odpoví, že má vše v pořádku, a správce daně se s tím nespokojí a zahájí postup k odstranění pochybností s následným doměřením daně, neprodlužuje zaslaná výzva k podání dodatečného přiznání prekluzivní lhůtu. V tomto článku však v části novějších judikátů uvedeme příklady, kdy NSS rozhodl zcela opačně. V rozsudku NSS ze dne 31. 1. 2023, čj. 4 Afs 389/2021-48, byla řešena námitka žalobkyně ohledně s cílem protáhnout prekluzivní lhůtu, neboť po zahájení předmětné kontroly se po značnou dobu nic nedělo. Nejvyšší správní soud však nesouhlasil s účelovostí zahájení kontroly, neboť pro její výsledky za rok 2015 bylo nutno vyčkat na závěry souběžně probíhající kontroly za rok 2013. tedy byla prodloužena v souladu se zákonem.

A nyní již k dalším rozsudkům, které nebyly zahrnuty v předcházejících článcích.

(Podle rozsudku NSS ze dne 22. 11. 2024, čj. 10 Afs 314/2023-38)

Žalobce se snažil před soudem obhájit názor, že kontrola pověřující obchod s vysokozdvižnými vozíky může odstartovat novou tříletou prekluzivní lhůtu jen na prověřování těchto operací, a nikoli na celou daň za dané období. S tímto názorem sice uspěl u krajského soudu, Nejvyšší správní soud však došel k závěru opačnému. Pokud je zahájena kontrola za určitou daň a zdaňovací období, startuje novou tříletou prekluzivní lhůtu na tuto daň a zdaňovací období v plném rozsahu, a nikoli jen u původně prověřovaných operací. Nejvyšší správní soud se v této věci zabývá otázkou, zda v jednom zdaňovacím období plyne jen jedna lhůta ke stanovení daně pro daň jako celek (jak tvrdí žalovaný), nebo zda mohou k jednotlivým zdanitelným plněním plynout lhůty různé (jak tvrdí krajský soud).

Podle důvodové zprávy k § 134 daňového řádu trvá daňové řízení po celou dobu existence daňové povinnosti, i když někdy v podobě. Není tedy vymezeno formálním zahájením a ukončením; to probíhá jen u dílčích daňových postupů a řízení, která lze provádět kdykoli v průběhu daňového řízení. Předmětem daňového řízení je daň vymezená buď zdaňovacím obdobím (tak tomu je u daní, které se vážou k určitému období, jako je daň z příjmů či zde posuzovaná daň z přidané hodnoty), nebo zdaňovanou skutečností (dříve dědická daň nebo daň z nabytí nemovitých věcí). Shodně vymezuje daňové řízení i komentářová literatura.

. Toto daňové řízení je formálně či navenek představováno dílčími daňovými postupy a řízeními, materiálně však probíhá i mimo ně, dokud právo stanovit daň nezanikne, tedy dokud neuplyne lhůta ke stanovení daně (§ 148; respektive dokud nezanikne právo daň vybrat nebo vymáhat, tedy dokud neuplyne lhůta pro placení daně podle § 160). Nalézací fázi daňového řízení tak ohraničuje právě až lhůta ke stanovení daně.

V dílčím řízení proto nemohou stanovit daň jen z určitého zdanitelného plnění, například z obchodů jen s vysokozdvižnými vozíky nebo jen s řepkovým olejem. Nic však nebrání tomu, aby v jednom daňovém řízení probíhalo souběžně či s odstupem času více nalézacích řízení, ve kterých bude výše daně, k níž je daňový subjekt povinen za celé zdaňovací období, postupně měněna. Daňové orgány v této věci proto mohly stanovit daň za prosinec 2014 opakovaně: nejprve s ohledem na zjištění týkající se vysokozdvižných vozíků a později vzhledem ke zjištěním o řepkovém oleji. Obě stanovení se přitom týkala jedné daně a byla učiněna v jednom daňovém řízení.

Lhůta ke stanovení daně se totiž neváže jen k určitým zdanitelným plněním či k jejich souborům, které byly konkrétně zkoumány při jednotlivých dílčích postupech daňového řízení, ale k daňové povinnosti vzniklé v celém zdaňovacím období. , na něž daňový řád pamatuje v § 148 odst. 2–4, (tento názor soud vyslovil už v rozsudku ze dne 10. 1. 2023, čj. 2 Afs 92/2021-51, bodě 31, byť jej tehdy nevysvětlil tak podrobně jako nyní).

(Podle rozsudku Nejvyššího správního soudu ze dne 5. 12. 2024, čj. 8 Afs 118/2024-90)

Zahájení daňové kontroly startuje novou tříletou prekluzivní lhůtu. U daně z příjmů v případě, že daňový subjekt vykáže daňovou ztrátu, není tříletá, ale osmiletá. U žalobce byla zahájena kontrola daně z příjmů. Spor se vedl o otázku, zda zahájení takové kontroly startuje novou tříletou, nebo novou osmiletou prekluzivní lhůtu. Nejvyšší správní soud došel k závěru, že jde o novou osmiletou lhůtu, přičemž poplatník je chráněn maximální desetiletou lhůtou pro vyměření daně.

Žalobce činil sporným vliv zahájení daňové kontroly na lhůtu pro stanovení daně, která byla ovlivněna daňovou ztrátou. Tvrdil, že zahájením daňové kontroly dojde k přerušení lhůty a tím okamžikem započne běžet nová lhůta, která je dle něj vždy tříletá. Dosavadní považoval za nelogický, jenž popírá základní smysl lhůty samé. Odkázal se také na nález Ústavního soudu ze dne 11. 1. 2007, sp. zn. II. ÚS 493/05, dle kterého je účelem prekluzivních lhůt stimulace správce daně k včasnému výkonu jeho práv a povinností a zároveň nastolení právní jistoty. Základní lhůta měla skončit 1. 4. 2022. Správce daně zahájil daňovou kontrolu 23. 4. 2018. Tohoto dne začala běžet nová lhůta ve stejné délce. Proto napadené rozhodnutí nepochybně nabylo právní moci ve lhůtě pro stanovení daně.

Nejvyšší správní soud se vlivem zahájení daňové kontroly na lhůtu pro stanovení daně, která byla ovlivněna daňovou ztrátou, zabýval již několikrát, zejména v rozsudku ze dne 2. 7. 2020, čj. 9 Afs 81/2020-40, č. 4056/2020 Sb. NSS, BOHEMIACHLAD, bod 37, a na něj navazujících rozsudcích ze dne 28. 7. 2023, čj. 10 Afs 454/2021-53, body 20 a 21, a ze dne 31. 5. 2021, čj. 7 Afs 229/2019-14, bod 23. Podle rozsudku BOHEMIACHLAD je v případě ovlivnění lhůty pro stanovení daně daňovou ztrátou pro stanovení jejího začátku rozhodující § 148 odst. 1 daňového řádu a pro stanovení jejího konce § 38r odst. 2 zákona č. 586/1992 Sb., o daních z příjmů, ve znění pozdějších předpisů (dále jen „zákon o daních z příjmů“). Pro vyměření daně nadále platí maximální celková desetiletá lhůta stanovená v § 148 odst. 5 daňového řádu. Na takto určenou prekluzivní lhůtu pak dopadají ustanovení § 148 odst. 2–4 daňového řádu, která upravují její prodloužení (odst. 2), přerušení (odst. 3) a stavení (odst. 4). Zahájení daňové kontroly tak povede k tomu, že se , jejíž počátek určuje § 148 odst. 1 daňového řádu a konec § 38r odst. 2 zákona o daních z příjmů, přeruší a začne běžet znovu od učinění tohoto úkonu. Všechna uvedená ustanovení tak obstojí vedle sebe. Stále však platí limit stanovený v § 148 odst. 5 daňového řádu, tedy že lhůta pro stanovení daně končí nejpozději uplynutím 10 let od jejího počátku. Pokud je tedy lhůta, jejíž konec je stanoven pomocí § 38r odst. 2 zákona o daních z příjmů, např. sedmiletá, nehrozí, že by se kvůli zahájení daňové kontroly mohla „prodloužit“ např. na dvojnásobek. Právě maximální délka 10 let zde slouží k tomu, aby prekluzivní lhůty nemohly trvat neúnosně dlouho. Jakkoli NSS připustil, že toto chápání prekluzivní lhůty může působit přísně, jde o nevyhnutelný důsledek toho, že daňové právo dává poplatníkům možnost odečtu daňové ztráty po dobu pěti zdaňovacích období, ale zároveň umožňuje korekce vlastního původního tvrzení ohledně výše daně, resp. daňové ztráty. Jedině výše uvedená § 38r odst. 2 zákona o daních z příjmů je tak podle NSS logická, rozumná a ctí právní jistotu. Záměrem zákonodárce bylo stanovit podstatně delší prekluzivní lhůty, než je běžné.

Rozhodující senát neshledal důvody se od této judikatury odklonit. Přerušení lhůty dle § 148 odst. 3 daňového řádu se totiž nepojí pouze se zahájením daňové kontroly, na což primárně stěžovatel míří, ale také s podáním řádného daňového tvrzení a oznámením výzvy k podání řádného daňového tvrzení. Daňový řád mezi uvedenými důvody přerušení lhůty nikterak nerozlišuje. Proto je nutné k důvodům přerušení přistupovat shodně.

Argumentace stěžovatele spočívá v tom, že přerušením lhůty započne běžet tříletá lhůta bez ohledu na to, že původní lhůta byla delší z důvodu jejího ovlivnění daňovou ztrátou. To by však ve svém důsledku znamenalo, že by postačilo, aby daňový subjekt podal řádné daňové přiznání až po začátku běhu lhůty pro stanovení daně, čímž by se lhůta přerušila a započala by běžet lhůta nová, která by byla pouze tříletá. Původně až osmiletá lhůta pro stanovení daně by se tak fakticky mohla zkrátit až téměř o pět let úkonem daňového subjektu, v tomto případě opožděným podáním řádného daňového přiznání. Takovýto výklad je však zjevně v rozporu s výslovným zněním § 38r odst. 2 zákona o daních z příjmů, jelikož lhůta pro stanovení daně za dané zdaňovací období by dle výkladu stěžovatele mohla skončit dříve než základní lhůta dle § 148 odst. 1 daňového řádu pro stanovení daně za poslední zdaňovací období, za které bylo možné uplatnit vykázanou daňovou ztrátu nebo její část. To přitom zákon výslovně vylučuje.

Delší lhůta pro stanovení daně navíc neslouží pouze správci daně. Daňovému subjektu umožňuje korekci vlastního původního tvrzení ohledně výše daně, resp. daňové ztráty. Proto také NSS uzavírá, že lhůta pro stanovení daně před vydáním napadeného rozhodnutí neuplynula.

(podle rozsudku Nejvyššího správního soudu ze dne 20. 2. 2024, čj. 2 Afs 65/2023-25)

Žalobkyně správci daně nenahlásila přeměnu své společnosti, díky které měla za daný rok podat dvě daňová přiznání. Namísto toho bylo podáno jen jedno přiznání za celý rok. Finanční úřad o přeměně nevěděl, proto vyměřil daň na základě přiznání za celý rok dle podaného daňového přiznání, které však bylo nezákonné. Předmětem sporu byla otázka, zda i takto nesprávně podané daňové přiznání mohlo startovat novou prekluzivní lhůtu. Nejvyšší správní soud došel k názoru, že i toto daňové přiznání startovalo novou prekluzivní lhůtu.

Žalobkyně v rozporu se zákonem neoznámila správci daně, že u ní dojde k přeměně rozdělením. S ohledem na přeměnu byla žalobkyně povinna podat dvě daňová přiznání, a to (vzhledem k tomu, že rozhodným dnem byl den 1. 9. 2018) za zdaňovací období od 1. 1. 2018 do 31. 8. 2018 a za zdaňovací období od 1. 9. 2018 do 31. 12. 2018. Zdaňovací období kalendářního roku 2018 tedy v případě žalobkyně vzhledem k její přeměně neexistuje. Žalobkyně však podala dne 4. 7. 2019 daňové přiznání k dani z příjmů právnických osob za zdaňovací období kalendářního roku 2018. Finanční úřad na jeho základě vyměřil daň platebním výměrem ze dne 11. 7. 2019. V rámci daňové kontroly zahájené dne 1. 6. 2020 bylo zjištěno, že došlo k přeměně společnosti. Správce daně proto podal podnět k nařízení přezkoumání platebního výměru z důvodu chybného vyměření daně za zdaňovací období od 1. 1. do 31. 12. 2018. Odvolací finanční ředitelství rozhodlo o nařízení přezkoumání platebního výměru. Odvolání žalobkyně bylo zamítnuto.

Lhůta pro stanovení daně tak nemohla uplynout dříve než dne 5. 7. 2022. Rozhodnutí Odvolacího finančního ředitelství, které nařídilo přezkoumání platebního výměru, bylo stěžovatelce oznámeno dne 16. 3. 2022. Jelikož bylo řízení o dozorčím prostředku zahájeno v posledních dvanácti měsících před uplynutím lhůty pro stanovení daně, lhůta pro stanovení daně se v souladu s § 148 odst. 2 písm. c) daňového řádu prodloužila o rok, a nemohla tedy uplynout dříve než dne 5. 7. 2023.

Stěžovatelka v žalobě namítla, že lhůta pro stanovení daně nemohla být takto prodloužena, neboť nebyl splněn zákonný předpoklad spočívající v podání řádného daňového tvrzení (což byla rozhodná skutečnost, jež podle daňových orgánů prodloužila lhůtu pro stanovení daně podle § 148 odst. 3 daňového řádu).

Stěžovatelka podala dne 4. 7. 2019 daňové přiznání za kalendářní rok 2018. Uvedla v něm skutečnosti rozhodné pro vyměření daně z příjmů právnických osob za celé toto období. Podle krajského soudu by bylo přepjatým formalismem, pokud by správce daně neměl možnost přezkoumat stěžovatelčina skutková tvrzení pouze proto, že v záhlaví nesprávně vymezila zdaňovací období, resp. že měla daňové formuláře podat dva. Daňové přiznání ze dne 4. 7. 2019 nebylo podle krajského soudu zatíženo vadou ve smyslu § 74 daňového řádu.

Stěžovatelka má pravdu, že zákon stanoví, jak mají být podána daňová přiznání v případě uskutečnění přeměny obchodní . Mýlí se však, pokud tvrdí, že výklad krajského soudu je v rozporu s touto úpravou a založen na libovůli jdoucí proti smyslu a účelu zákona. Proti účelu a smyslu zákona by bylo, pokud by krajský soud přisvědčil stěžovatelce a rozhodnutí o nařízení přezkoumání rozhodnutí by zrušil. Připustil by tak možnost rezignace daňového subjektu na plnění zákonných povinností bez hrozby následného přezkumu v případě, že správce daně neodhalí nezákonnost dostatečně rychle.

Stěžovatelka sice trvá na formalistickém dodržování zákona, současně se však brání proti nařízení přezkoumání platebního výměru vydaného v důsledku nesprávně podaného daňového přiznání. Je pravdou, že z veřejně dostupných údajů v obchodním rejstříku mohl správce daně stěžovatelčino pochybení odhalit dříve. Nelze však pominout, že především pochybila stěžovatelka tím, že v souladu s § 23d odst. 1 zákona o daních z příjmů neoznámila přeměnu správci daně. Jakmile správce daně tuto okolnost zjistil, podal podnět k nařízení přezkoumání platebního výměru, o němž měl za to, že je v důsledku nesprávného určení zdaňovacího období nezákonný.

Nejvyšší správní soud tedy souhlasí s krajským soudem, že by za této procesní situace bylo přepjatě formalistické, pokud by žalovaný neumožnil správci daně přezkoumání platebního výměru. Odůvodnění rozsudku krajského soudu je logicky vystavěné a přesvědčivé. Výklad, který krajský soud zvolil, zohledňuje smysl správy daní. Nejvyšší správní soud na tento rozsudek v podrobnostech odkazuje.

Nejvyšší správní soud ve shodě s krajským soudem uzavírá, že byly splněny zákonné podmínky pro nařízení přezkoumání platebního výměru podle § 121 odst. 1 daňového řádu, neboť platební výměr byl vydán za nesprávné zdaňovací období. Stěžovatelčino daňové tvrzení ze dne 4. 7. 2019, které bylo podle obsahu zamýšlené jako řádné daňové tvrzení za zdaňovací období kalendářního roku 2018, přerušilo lhůtu pro stanovení daně. Proto je splněna i časová podmínka pro nařízení přezkoumání platebního výměru ve smyslu § 122 odst. 3 daňového řádu.

(podle rozsudku Nejvyššího správního soudu ze dne 6. 12. 2024, čj. 10 Afs 16/2024–82)

U žalobkyně probíhala kontrola DPH za leden až březen 2013. Správce daně oznámil 15. 3. 2017 žalobkyni, že se má dostavit 24. 3. 2017 na finanční úřad k zahájení kontroly a přinést s sebou řadu dokumentů pro zahájení kontroly za únor a březen 2014. Předmětem sporu byla otázka, zda byla kontrola materiálně zahájena e-mailem správce daně, či až protokolem o zahájení kontroly dne 24. 3. 2017. Řešení této otázky mělo vliv na uplynutí prekluzivní lhůty a zákonnost doměrku daně (správce daně totiž základní tříletou prekluzivní lhůtu dále prodloužil mezinárodními dožádáními a v návaznosti na to bylo tedy podstatné, zda kontrola byla zahájena již e-mailem z 15. 3., či až protokolem z 24. 3. 2017). Nejvyšší správní soud shrnul judikaturu z této oblasti a došel k závěru, že v daném případě e-mail správce daně kontrolu nezahájil.

Ve věci šlo o DPH za únor a březen 2014:

Ze správního spisu je dále zřejmé, jaké kroky správce daně činil před formálním zahájením daňové kontroly DPH za únor a březen 2014 – do spisu byly (jako přílohy příslušných úředních záznamů) přeneseny podklady shromážděné v průběhu dříve zahájené daňové kontroly DPH za rok 2013.

.

Rozlišit vyhledávací činnost a skrytou daňovou kontrolu lze jen na základě celkového posouzení konkrétních úkonů, množství a rozsahu podkladů, které si správce daně vyžádal a které prověřoval, a na základě skutečností, které vyhledávací činnosti předcházely a které po ní následovaly (rozsudek NSS ze dne 2. 7. 2020, čj. 7 Afs 390/2019-44, body 37–39).

Závěr, že správce daně materiálně zahájil daňovou kontrolu úkonem, který předcházel formálnímu zahájení kontroly, NSS učinil například v následujících věcech:

Z výše shrnutých rozsudků je patrné, že Například e-mail správce daně někdy takovým úkonem být může, jindy ale nikoli. Proto je třeba zopakovat, že .

Krajský soud k opačnému závěru dospěl patrně především na základě shodnosti předmětů předchozí a posuzované daňové kontroly – obě se týkaly obchodů žalobkyně s komoditou pistácie. Daňovou kontrolu je však potřeba vymezit nejen z hlediska předmětu, ale také z hlediska rozsahu. Nejvyšší správní soud ale ve správním spisu nenašel nic, co by nasvědčovalo tomu, že se správce daně zajímal konkrétně o obchodování žalobkyně s pistáciemi v únoru a březnu 2014 ještě předtím, než formálně zahájil daňovou kontrolu týkající se těchto zdaňovacích období. Ano, správce daně se už dříve zajímal o obchodování s pistáciemi, ale své prověřování omezoval na rok 2013. Teprve po rozšíření daňové kontroly i na únor a březen 2014 prověřoval správce daně současně obě kontrolovaná období (jak rok 2013, tak únor a březen 2014). Nejvyšší správní soud za materiální zahájení daňové kontroly DPH za únor a březen 2014 nepovažuje ani to, že správce daně od bankovních institucí už dříve získal informace o pohybech peněžních prostředků na účtech žalobkyně za širší období než jen za rok 2013.

Ostatně žalobkyně požadované podklady předložila právě až při jednání o zahájení daňové kontroly (dne 24. 3. 2017); správce daně tak dříve ani neměl co hodnotit.

Žalobkyně má pravdu v tom, že NSS už samotnou žádost o podklady někdy hodnotil jako materiální zahájení daňové kontroly. Stalo se to ovšem za specifických okolností – ve věci 6 Afs 59/2023, kdy šlo o zahájení kontroly na základě žádosti o mezinárodní spolupráci. Z formulace žádosti bylo tehdy zřejmé, že správce daně už nějaká svá zjištění hodnotil; dotazoval se totiž na konkrétní zdanitelná plnění uskutečněná v přesně určených zdaňovacích obdobích. A byť tak činil především ve vztahu k poskytovatelům plnění, zjišťoval současně i informace o příjemkyni plnění. Taková situace v nynější věci nenastala. Správce daně sice před formálním zahájením daňové kontroly odeslal dvě žádosti o mezinárodní spolupráci, dotazoval se však výlučně na rok 2013. Na základě těchto dožádání a ani na základě seznamu požadovaných dokladů obsaženého v e-mailu správce daně ze dne 15. 3. 2017 nelze tvrdit, že správce daně měl už před formálním zahájením daňové kontroly DPH za únor a březen 2014 důvodné pochybnosti o správnosti a úplnosti daňových tvrzení žalobkyně za tato období.

Naopak , na kterou ve svých kasačních námitkách odkázalo OFŘ, se k nynější věci přinejmenším volně vztahuje. Ve všech třech citovaných věcech (3 Afs 348/2019, 5 Afs 316/2023, 10 Afs 340/2022) totiž NSS zdůraznil, že správce daně může s daňovým subjektem komunikovat (e-mailem, telefonicky), aniž by tím materiálně zahajoval daňovou kontrolu. Důležitý je obsah takové komunikace a to, zda jej správce daně hodnotí jen ve vztahu ke svému dalšímu postupu, nebo už ve vztahu ke konkrétní daňové povinnosti. V nynější věci má NSS za to, že správce daně před formálním zahájením daňové kontroly DPH za únor a březen 2014 nijak neprověřoval daňové povinnosti žalobkyně za tato zdaňovací období.

Konečně je třeba zmínit, že v jiné věci žalobkyně (4 Afs 186/2022), týkající se daňové kontroly DPH za rok 2013, NSS dospěl k závěru, že ve vztahu k některým měsícům zahájil správce daně daňovou kontrolu materiálně, a to ještě před jejím formálním zahájením. Stalo se to v důsledku místního šetření, při kterém se správce daně žalobkyně ptal na podrobné okolnosti obchodů uskutečněných v prvním čtvrtletí roku 2013 a při kterém požadoval předložení veškerých souvisejících dokladů. Možná pod dojmem z tohoto rozsudku krajský soud o tři týdny později rozhodl, že také daňová kontrola února a března 2014 byla materiálně zahájena dříve než formálně. Taková opatrnost krajského soudu však nebyla namístě – okolnosti nyní řešené věci se významně liší (ve výše rozebíraných ohledech).

Daňová kontrola DPH za únor a březen 2014 tedy byla formálně i materiálně zahájena dne 24. 3. 2017 (den před koncem původní propadné lhůty pro stanovení DPH za první z kontrolovaných období).

Nejvyšší správní soud shrnuje, že žalobkyně se svou námitkou týkající se zániku práva stanovit daň ještě před jejím stanovením neměla u krajského soudu uspět. E-mail správce daně ze dne 15. 3. 2017 materiálně nezahájil daňovou kontrolu DPH za únor a březen 2014 (ta byla formálně i materiálně zahájena až o devět dní později), a to ani ve spojení s předchozími kroky správce daně. Žalobkyni tedy DPH za zmíněná období nebyla stanovena po dni, ke kterému skončila propadná lhůta pro její stanovení.

(podle rozsudku Nejvyššího správního soudu ze dne 26. 4. 2024, čj. 5 Afs 52/2023-33)

(podle rozsudku Nejvyššího správního soudu ze dne 11. prosince 2024 čj. 3 Afs 314/2023-38)

V rekapitulaci judikatury z předcházejících příspěvků v úvodu tohoto článku jsme odkazovali na rozsudky, které hovořily o tom, že výzva správce daně k podání dodatečného daňového přiznání ještě automaticky neprodlužuje prekluzivní lhůtu pro vyměření daně. To se stane pouze v případě, že tato výzva vede k doměření daně (viz např. „sbírkový“ rozsudek NSS ze dne 30. 4. 2015, čj. 2 Afs 1/2015-49). Výzva k podání dodatečného daňového přiznání taktéž neprodlužuje lhůtu pro vyměření daně, pokud daňový subjekt odmítá dodatečné daňové přiznání předložit (NSS ze dne 14. 1. 2022, čj. 3 Afs 319/2020-34), popř. záporná odpověď na výzvu k podání dodatečného daňového přiznání nemá charakter dodatečného přiznání (rozsudek NSS ze dne 19. 7. 2023, čj. 9 Afs 209/2022-42).

Z následujících dvou judikátů však zjistíme, že v některých případech NSS hodnotí situaci odlišně. V prvním z rozsudků ( č. 5) správce daně prováděl u subjektu kontrolu za roky 2013 a 2014, na jejímž základě neuznal nárok na odpočet DPH a daňové náklady za plnění od vybraných společností. Na základě získaných informací pak měl finanční úřad pochybnosti, zda od stejné společnosti nebylo nakupováno i v roce 2015, snažil se nejprve realizovat u žalobce neúspěšně místní šetření a následně vyhodnotil informace, které měl k dispozici, za natolik závažné, že vydal výzvu k podání dodatečného přiznání. Žalobce ho odmítl podat a informoval o tom správce daně. Ten toto sdělení vyhodnotil jako materiálně podané dodatečné daňové přiznání ve výši nula a zahájil k němu postup k odstranění pochybností. Žalobce dále nereagoval a byla mu doměřena daň podle pomůcek. Nejvyšší správní soud konstatoval, že odmítnutí podat dodatečné daňové přiznání lze kvalifikovat jako dodatečné přiznání ve výši nula a zahájit k němu postup k odstranění pochybností. Výzva k podání dodatečného přiznání pak byla dle názoru NSS úkonem prodlužujícím prekluzivní lhůtu, neboť doměření daně bylo učiněno v návaznosti na tuto výzvu. V dalším rozsudku ( č. 6) pak byla posuzována situace u silniční daně, kde došlo k prodeji vozu, ale nikoli k přepsání vlastníka či provozovatele v technickém průkazu vozidla. Původní vlastník daň nepřiznal s odkazem na to, že vozidlo bylo prodáno, a odmítl též podat dodatečné přiznání na výzvu správce daně. Ten ani nezahájil kontrolu a rovnou doměřil daň bez kontroly. I zde NSS konstatoval, že výzva správce daně k podání dodatečného přiznání byla způsobilá prodloužit prekluzivní lhůtu a doměření daně souviselo s touto výzvou.

Nejvyšší správní soud nemá pochyb o tom, že správce daně měl dostatek relevantních poznatků svědčících tomu, že stěžovateli bude daň doměřena, a tyto poznatky zcela konkrétně a srozumitelně stěžovateli ve výzvě k podání dodatečného daňového přiznání ze dne 28. 2. 2019 sdělil. Není přitom podstatné, zda prvotní poznatky mohly být správci daně zřejmé již v roce 2016 na základě protokolu sepsaného v rámci daňové kontroly za předchozí zdaňovací období. Podstatné je, že tyto poznatky měly přímou věcnou i časovou souvislost s následným doměřením daně.

, protože k tomu není žádný věcný důvod, nepochybil správce daně, pokud materiálně toto podání kvalifikoval jakožto dodatečné daňové přiznání, v němž stěžovatel vykázal oproti řádnému daňovému přiznání „nulový rozdíl“ (tedy Takový postup není v rozporu ani se zákonem, akceptuje jej rovněž (srov. obdobně rozsudek NSS ze dne 24. 6. 2005, čj. 5 Afs 160/2004-81, či rozsudky ze dne 27. 11. 2014, čj. 5 Afs 105/2013-29 a ze dne 26. 1. 2017, čj. 10 Afs 142/2016-40).

Správce daně své pochybnosti stěžovateli náležitě sdělil. Zahájení postupu k odstranění pochybností bylo zcela logickým následným krokem. Správce daně ve výzvě k odstranění pochybností mimo jiné předložil analýzu přijatých plnění v roce 2015, vycházel z údajů let 2013–2017, přičemž využil přehled údajů z daňových přiznání stěžovatele k DPH. Stěžovatel však nepředložil žádné důkazy, jimiž by pochybnosti správce daně ohledně správnosti údajů o výši výdajů v souvislosti s dodávkami zboží a služeb od dodavatele L… v roce 2015 odstranil. Stěžovatel v daňovém řízení neunesl důkazní břemeno tvrzení ani břemeno důkazní, když se pouze soustředil na zpochybnění procesních postupů správce daně. Nelze pominout, že stěžovatel neprojevil ani zájem na pokračování v dokazování po ukončení postupu k odstranění pochybností, resp. v zákonem stanovené lhůtě toto správci daně k jeho výzvě nesdělil (§ 90 odst. 2 a 3 daňového řádu). Ze správního spisu nelze dovodit, že by stěžovateli bylo bráněno uplatňovat v řízení svá práva. Nejvyšší správní soud konstatuje, že pro vydání výzvy dle § 145 odst. 2 daňového řádu byly dány důvodné a zákonné předpoklady, správce daně tak nečinil ani svévolně, ani formálně pouze s cílem prodloužení lhůty pro vyměření daně [§ 148 odst. 2 písm. a) daňového řádu].

Nejvyšší správní soud ani nepřisvědčil námitce stěžovatele, že daň nebyla doměřena na základě výzvy, ale na základě následného postupu k odstranění pochybností, pročež nemohly nastat ani účinky zamýšlené v § 148 odst. 2 písm. a) daňového řádu. Samotná výzva zcela jistě k doměření daně logicky vést ani nemůže. Reakcí na výzvu bylo „nulové“ dodatečné daňové přiznání. Bylo by paradoxem, pokud by daňový subjekt v dodatečném daňovém přiznání podaném na výzvu správce daně v něm žádný příjem neuvedl (tak, jak to učinil stěžovatel), čímž by v podstatě eliminoval účinky vydané výzvy. Podstatné je, že výzva směřovala k přiznání příjmu, který podle správce daně měl být přiznán ke zdanění, a také následným rozhodnutím byla daň doměřena. Mezi výzvou a doměřenou daní je tedy vztah příčinné souvislosti.

V rozsudku ze dne 5. 3. 2020, čj. 1 Afs 441/2019-29, Nejvyšší správní soud konstatoval: „

Nejvyšší správní soud podotýká, že stěžovatel nerozlišuje mezi důvodným předpokladem k doměření daně, který měl za následek postup dle § 145 odst. 2 daňového řádu, a pochybnostmi správce daně, které mu vyvstaly poté, co stěžovatel vyjádřil dne 2. 4. 2019 kvalifikovaný nesouhlas s obsahem výzvy, který vedl k následnému postupu k odstranění pochybností.

Správce daně na základě vyhledávací činnosti zjistil, že stěžovatel byl zapsán v registru silničních vozidel jako provozovatel předmětného vozidla, které lze zahrnout pod předmět daně dle § 2 odst. 3 zákona č. 16/1993 Sb., o dani silniční, ve znění pozdějších předpisů (dále jen „zákon o dani silniční“), z titulu jeho registrace v České republice, ovšem stěžovatel ve svých řádných daňových přiznáních k dani silniční toto vozidlo neuvedl. Žalobce opakovaně finančnímu úřadu sdělil, že se necítí být vlastníkem předmětného vozidla, neboť jej v roce 2010 prodal a „provedl i odhlášku na nového vlastníka“, a tudíž že by silniční daň měla být vymáhána po skutečném majiteli. Finanční úřad informoval žalobce, že kupní smlouva sice byla uzavřena, ovšem vlastnictví k vozidlu přechází až registrací v registru silničních vozidel, k čemuž v případě předmětného vozidla nedošlo.

Jelikož žalobce na základě neformální komunikace s pracovnicí správce daně dodatečná daňová přiznání nepodal, správce daně vydal dne 9. 12. 2019 tři samostatné výzvy k podání dodatečného daňového přiznání za zdaňovací období roků 2016, 2017 a 2018 (dále společně jen „výzvy k DDP“), a to do 15 dnů od doručení výzvy (výzvy doručeny stěžovateli téhož dne). V nich zejména uvedl, že stěžovatel byl v uvedených obdobích vlastníkem předmětného vozidla, neboť byl jako provozovatel zapsán v technickém průkazu vozidla, a tudíž se na něj hledí jako na poplatníka daně silniční.

Jelikož stěžovatel na výzvy DDP nijak nereagoval a požadovaná dodatečná daňová přiznání nepodal, správce daně vyhotovil úřední záznam ze dne 14. 2. 2020 o stanovení daně silniční za zdaňovací období roku 2016, 2017 a 2018 (dále jen „úřední záznam“). Následně správce daně seznámil stěžovatele s výsledkem doměřovacího řízení. Žalobce na to pouze zopakoval, že předmětné vozidlo prodal již v roce 2010, přičemž kupujícímu předal veškeré doklady k přepisu vozidla v evidenci vozidel, a proto má za to, že není provozovatelem vozidla a daňová povinnost mu tak nesvědčí; daň by měla být vymáhána po skutečném majiteli vozidla. Stěžovatel přitom neučinil žádné důkazní návrhy. Poté správce daně vydal dne 13. 5. 2020 dodatečné platební výměry, kterými stěžovateli doměřil daň za předmětná zdaňovací období, přičemž v odůvodnění odkázal na postup stanovení daně popsaný v úředním záznamu a na to, že stěžovatel ve vyjádření ze dne 9. 3. 2020 nepředložil správci daně žádné nové důkazní prostředky.

Nejvyšší správní soud hodnotí tento postup správce daně jako zákonný. V posuzovaném případě se totiž jednalo o skutkově jednoduchou věc, v níž správci daně stačilo postavit najisto, že stěžovatel předmětné vozidlo neuvedl v řádných daňových přiznáních za zdaňovací období roků 2016, 2017 a 2018, přestože byl v rozhodném období stále registrován jako vlastník a provozovatel předmětného vozidla v registru silničních vozidel. Tuto rozhodnou skutečnost si správce daně ověřil z výpisu z evidence rejstříků vozidel a ze sdělení od příslušného městského úřadu. Žalobce totiž správci daně doložil pouze kopii technického průkazu s posledním zápisem z 25. 5. 2010, kde byl jako vlastník a provozovatel uveden stěžovatel. Další prověřování skutečností proto již nebylo potřebné. (coby nejkomplexnější a nejpřísnější postup určený k prověření daňových tvrzení), případně zahajovat postup k odstranění pochybností (určený zpravidla k odstranění jednotlivých a dílčích pochybností v daňových tvrzeních), jelikož i bez těchto kontrolních postupů byl naplněn požadavek na šetření procesních práv stěžovatele. Stěžovatel byl s podklady pro doměření daně, jakož i se způsobem stanovení daně a její výší seznámen v rámci jemu zaslaného vyrozumění, jehož přílohou byl úřední záznam obsahující všechny informace pro doměření předmětné daně. Stěžovateli tak bylo umožněno se ke zjištěním správce daně vyjádřit a případně navrhnout doplnění dokazování. Stěžovatel se vyjádřil, ovšem pouze zopakoval již dříve uvedené a doplnění dokazování nenavrhl. Postupem správce daně tak práva stěžovatele nebyla krácena.

Pokud jde o právní otázku, zda výzva k DDP 2016 skutečně vedla k doměření daně, a tedy zda správce daně doměřil daň za zdaňovací období roku 2016 před uplynutím lhůty po stanovení daně dle § 148 daňového řádu, stěžovatel namítá, že z napadeného rozsudku není zřejmé, že by v daném případě byly splněny oba kumulativní požadavky dle § 148 odst. 2 písm. a) daňového řádu. Ani s touto námitkou se Nejvyšší správní soud neztotožňuje.

Jak již Nejvyšší správní soud uvedl v úvodní rekapitulaci napadeného rozsudku, krajský soud souhlasil s daňovými orgány v tom, že výzva k DDP 2016 vedla k prodloužení základní lhůty pro stanovení daně podle § 148 odst. 2 písm. a) daňového řádu.

Není sporu o tom, že účinek prodloužení lhůty pro stanovení daně obsažený v § 148 odst. 2 písm. a) daňového řádu nastává (ponecháme-li stranou případ podání dodatečného daňového tvrzení, k čemuž v posuzované věci nedošlo) při splnění dvou kumulativních podmínek, a to (i) správce daně oznámí daňovému subjektu výzvu k podání dodatečného daňového přiznání (respektive tvrzení) v posledních 12 měsících před uplynutím dosavadní lhůty pro stanovení daně a současně (ii) tato výzva vede k doměření daně (tj. existuje příčinná souvislost mezi výzvou a následným doměřením daně).

Stěžovatel v kasační stížnosti nezpochybnil, že mu správce daně výzvu k DDP 2016 oznámil v předepsaném časovém období (výzva byla oznámena dne 9. 12. 2019, základní lhůta pro stanovení daně by uplynula dne 31. 1. 2020). Rovněž nic nenamítal proti závěru krajského soudu, že se jednalo o výzvu podle § 145 odst. 2 daňového řádu, neboť správce daně vyzval stěžovatele k podání dodatečného daňového přiznání ve lhůtě 15 dnů od doručení výzvy, ve které stěžovateli sdělil, z jakého důvodu by měl uhradit daň silniční za předmětné vozidlo. O splnění první z uvedených podmínek ve smyslu § 148 odst. 2 písm. a) daňového řádu tak není pochyb.

Pokud jde o podmínku druhou, tedy zda předmětná výzva vedla k doměření daně, její naplnění sice stěžovatel zpochybňuje, ovšem pouze odkazem na posouzení provedené Nejvyšším správním soudem v rozsudku čj. 1 Afs 300/2017-26, který není pro nyní projednávanou věc přiléhavý. Nejvyšší správní soud totiž v odkazovaném rozsudku nemohl posoudit naplnění druhé z podmínek dle § 148 odst. 2 písm. a) daňového řádu z toho důvodu, že ve spisovém materiálu chyběly podklady, a nebylo tak zřejmé, „v rámci jakého řízení proběhlo dokazování“.

Je proto zřejmé, že i druhá z podmínek ve smyslu § 148 odst. 2 písm. a) daňového řádu byla splněna.