3197/26/7700-50128-711513 Metodický pokyn k postupu správce daně v případě uplynutí lhůty pro stanovení daně a k možnému prodloužení objektivní desetileté lhůty

Schválený: 09.03.2026

13197/26/7700-50128-711513

METODICKÝ POKYN

k postupu správce daně v případě uplynutí lhůty pro stanovení daně a k možnému prodloužení objektivní desetileté lhůty

Generální finanční ředitelství

Lazarská 15/7, 117 22 Praha 1

Sekce správy daní

Všechny finanční úřady, včetně Specializovaného finančního úřadu

Odvolací finanční ředitelství

I----------------------------I-----------------------------------------------I
I Účinnost                   I 1. 4. 2026                                    I
I----------------------------I-----------------------------------------------I
I Důvod přijetí              I změna správní praxe s ohledem na usnesení     I
I                            I rozšířeného senátu Nejvyššího správního soudu I
I----------------------------I-----------------------------------------------I
I Oblast úpravy              I Zákon č. 280/2009 Sb., daňový řád, ve znění   I
I                            I pozdějších předpisů (dále jen "DŘ")           I
I                            I Zákon č. 82/1998 Sb., o odpovědnosti za škodu I
I                            I způsobenou při výkonu veřejné moci            I
I                            I rozhodnutím nebo nesprávným úředním postupem  I
I                            I a o změně zákona České národní rady č.        I
I                            I 358/1992 Sb., o notářích a jejich činnosti    I
I                            I (notářský řád) (dále jen "z. č. 82/1998 Sb.") I
I----------------------------I-----------------------------------------------I
I Agenda                     I Lhůta pro stanovení daně                      I
I----------------------------I-----------------------------------------------I
I Základní ustanovení        I § 148 odst. 1 DŘ                              I
I                            I § 148 odst. 2 písm. a) DŘ                     I
I                            I § 148 odst. 5 DŘ                              I
I----------------------------I-----------------------------------------------I
I Předcházející metodické    I Metodický pokyn k postupu správce daně v      I
I materiály                  I případě uplynutí lhůty pro stanovení daně, č. I
I                            I j. 85183/22/7100- 50123-050167 ze dne 13. 2.  I
I                            I 2023                                          I
I----------------------------I-----------------------------------------------I
I Související metodické      I Metodický pokyn ke změnám aplikace úroku z    I
I materiály                  I daňového odpočtu dle § 254a daňového řádu, ve I
I                            I znění účinném od 1. 1. 2021, č. j.            I
I                            I 12515/21/7700-10124-050201 ze dne 19. 2. 2021 I
I                            I Metodický postup k úroku z nesprávně          I
I                            I stanovené daně č. j.                          I
I                            I 57164/25/7700-50123-051418 ze dne 25. 7. 2025 I
I----------------------------I-----------------------------------------------I
I Technické postupy v        I --                                            I
I IS/Úlohy IS ADIS           I                                               I
I----------------------------I-----------------------------------------------I
I Přílohy                    I Schémata prekluze                             I
I----------------------------I-----------------------------------------------I
I Judikatura, literatura     I Usnesení rozšířeného senátu Nejvyššího        I
I                            I správního soudu ze dne 5. 2. 2025, č. j. 1    I
I                            I Afs 231/2022-44 (dále též "Usnesení RS")      I
I----------------------------I-----------------------------------------------I

Anotace:

Tento metodický pokyn upravuje postup správce daně v případech, kdy vyjde najevo, že lhůta pro stanovení daně ve smyslu § 148 odst. 1 až 6 DŘ uplynula v průběhu či před zahájením nalézacího řízení. Zároveň s ohledem na Usnesení RS metodicky upravuje postup správce daně v případě podání dodatečného daňového tvrzení na daň nižší v posledních 12 měsících před uplynutím objektivní desetileté lhůty dle § 148 odst. 5 DŘ¹.

Primární příjemci:

Úřední osoby zabývající se stanovením daně.

Čl.I.

Cíl (účel) metodického pokynu

1. Usnesení RS

změnilo stávající výklad možnosti správce daně přistoupit k vyměření/doměření daně po uplynutí prekluzivní lhůty. Rozšířený senát Nejvyššího správního soudu konstatoval následující:

Neskončí-li nalézací řízení pravomocným stanovením daně ve lhůtě dle § 148 DŘ, nelze po uplynutí prekluzivní lhůty daňovému subjektu daň v rámci daňového řízení stanovit.

Lhůta pro stanovení daně dle § 148 odst. 5 DŘ se prodlužuje o 1 rok, pokud v posledních 12 měsících před uplynutím této lhůty došlo k podání dodatečného daňového tvrzení na nižší daň. Správce daně může v této prodloužené lhůtě provádět kontrolní postupy, jenž se nemusí omezovat pouze na důvody, které vedly daňový subjekt k podání dodatečného daňového tvrzení, je však omezen co do výše tvrzené daně, tj. výsledkem daňového řízení nemůže být vyšší daň než je poslední známá daň.

Cílem tohoto metodického pokynu je sjednocení správní praxe finančních úřadů při postupu po uplynutí lhůty pro stanovení daně, v rámci zákonem stanovených podmínek a závěrů vyslovených v Usnesení RS. Současně upravuje postup, kdy je správce daně na základě Usnesení RS oprávněn v prodloužené lhůtě po uplynutí desetileté prekluzivní lhůty činit kroky ke stanovení daně.

Procesní postup správce daně se liší podle toho, v jaké fázi řízení/kontrolního postupu došlo ke zjištění, že lhůta pro stanovení daně uplynula.

Čl.II.

Postup správce daně v návaznosti na zjištění uplynutí prekluzivní lhůty

1. Správce daně vydá rozhodnutí o zastavení vyměřovacího nebo doměřovacího řízení dle § 106 odst. 1 písm. e) DŘ ve vztahu ke konkrétní dani a zdaňovacímu období v následujících případech:

a) Zjistí-li, že daňové řízení bylo zahájeno marným uplynutím lhůty stanovené ve výzvě dle § 145 DŘ nebo podáním daňového tvrzení po uplynutí prekluzivní lhůty.

b) Zjistí-li, že oznámení o zahájení daňové kontroly bylo vydáno v prekluzivní lhůtě, avšak doručeno bylo až po jejím uplynutí.

c) Zjistí-li, že k uplynutí prekluzivní lhůty došlo v průběhu vyměřovacího či doměřovacího řízení.

2. Správce daně může podat podnět dle § 121 DŘ ve vztahu k rozhodnutím správce daně týkajícím se konkrétní daně za příslušné zdaňovací období v těchto případech:

a) Zjistí-li, že oznámení o zahájení daňové kontroly bylo vydáno po uplynutí prekluzivní lhůty².

b) Zjistí-li, že rozhodnutí, z něhož vyplývá poslední známá daň, nabylo právní moci po uplynutí prekluzivní lhůty³.

3. Správce daně vydá rozhodnutí dle

§ 111 odst. 6 DŘ

a dle § 106 odst. 1 písm. e) DŘ ve vztahu ke konkrétní dani a zdaňovacímu období

zjistí-li v rámci odvolacího řízení⁴, že lhůta pro stanovení daně uplynula.

V případech, kdy rozhodnutí o stanovení daně nabylo právní moci po lhůtě pro stanovení daně a daňovým subjektem byla na základě tohoto rozhodnutí realizována úhrada daně, může daňovému subjektu vzniknout při splnění zákonných podmínek nárok na úrok dle § 254 DŘ.⁵

Čl.III.

Postup správce daně v návaznosti na podání dodatečného daňového tvrzení na nižší daň⁶ v posledních 12 měsících před uplynutím lhůty dle § 148 odst. 5 DŘ

1. Správce daně nebude postupovat dle čl. II. tohoto metodického pokynu z důvodu uplynutí prekluzivní lhůty dle § 148 odst. 5 DŘ v případě, že jsou současně splněny následující podmínky:

- řízení bylo zahájeno podáním dodatečného daňového tvrzení na daň nižší,

- dodatečné daňové tvrzení bylo podáno v posledních 12 měsících před uplynutím desetileté prekluzivní lhůty dle § 148 odst. 5 DŘ a

- dodatečné daňové tvrzení bylo podáno ve lhůtě dle § 148 DŘ.

2. Prodloužená lhůta pro stanovení daně

V případě naplnění podmínek dle čl. III odst. 1 tohoto metodického pokynu se prekluzivní lhůta dle § 148 odst. 5 DŘ prodlužuje o 1 rok. Na takto prodlouženou lhůtu nemají vliv úkony dle § 148 odst. 2 až 4 DŘ, tj. lhůta se nestaví ani neprodlužuje.

3. Omezení kontrolního postupu a výsledku daňového řízení

Správce daně v prodloužené lhůtě je oprávněn provést kontrolní postup za účelem správného stanovení daně, přičemž výsledně stanovená daň nemůže být vyšší než posledně známá stanovená daň (tj. výše doměřené daně se může nacházet v rozmezí od tvrzené daně až maximálně do výše posledně známé stanovené daně).

4. Podání dalšího dodatečného daňového tvrzení po uplynutí lhůty ve smyslu § 148 odst. 5 DŘ

Dojde-li v průběhu prodloužené lhůty dle § 148 odst. 2 písm. a) DŘ, resp. po uplynutí původní desetileté objektivní lhůty, k podání dalšího dodatečného daňového tvrzení, správce daně:

a) v případě, že řízení, zahájené podáním předchozího dodatečného daňového tvrzení dosud nebylo pravomocně ukončeno, postupuje dle § 145a odst. 1 DŘ,

b) v případě, že řízení zahájené podáním předchozího dodatečného daňového tvrzení již bylo pravomocně ukončeno, řízení zahájené podáním tohoto dalšího dodatečného daňového tvrzení se zastaví dle § 106 odst. 1 písm. e) DŘ.

5. Daň nebyla pravomocně stanovena

Nedojde-li k pravomocnému stanovení daně do konce prodloužené lhůty, postupuje správce daně dle čl. II. tohoto metodického pokynu.

Čl.IV.

Postup správce daně v návaznosti na zálohu na daňový odpočet a nepravomocně přiznaný nárok na nadměrný odpočet

1. Vypořádání zálohy na daňový odpočet a nepravomocně přiznaného nároku na nadměrný odpočet s ohledem na uplynutí prekluzivní lhůty

Je-li v důsledku uplynutí lhůty pro stanovení daně zastaveno vyměřovací či doměřovací řízení, může se daňový subjekt domáhat kompenzace újmy (např. nevyměřeného nadměrného odpočtu tvrzeného v daňovém přiznání) prostřednictvím z. č. 82/1998 Sb. Současně však nelze opomíjet účel a smysl daňového práva a je třeba pamatovat na to, že postup dle z. č. 82/1998 Sb. by měl nastupovat "až za situace, kdy nelze nápravu sjednat cestou vyčerpání všech procesních prostředků, které zákon poškozenému k ochraně jeho práva poskytuje" (viz Nález ÚS).

Na pozadí změny přístupu ke stanovení daně po uplynutí prekluzivní lhůty dle závěrů Usnesení RS, který však nezahrnuje řešení specifických situací v návaznosti na uplatněný daňový odpočet, bude správce daně postupovat u vyplacených záloh na daňový odpočet, přiznaného a vyplaceného⁷ nadměrného odpočtu v nepravomocném platebním/dodatečném platebním výměru (event. v původně pravomocném rozhodnutí o stanovení daně, které bylo po lhůtě pro stanovení daně zrušeno soudem) a u úroku z daňového odpočtu tak, že tyto peněžité částky nebude od daňového subjektu požadovat, resp. vymáhat nazpět, a tedy:

- Dnem nabytí právní moci rozhodnutí o zastavení řízení dle § 106 odst. 1 písm. e) DŘ se považuje správcem daně vrácená, použitá nebo převedená záloha na daňový odpočet za vypořádanou ve smyslu § 174b odst. 1 DŘ. Správce daně sdělí daňovému subjektu tuto skutečnost v rozhodnutí o zastavení řízení.

- Ke dni nabytí právní moci rozhodnutí o zastavení řízení dle § 106 odst. 1 písm. e) DŘ, příp. ve spojení s § 111 odst. 6 DŘ, dojde k zaúčtování přiznaného a vyplaceného nadměrného odpočtu na ODÚ⁸ daňového subjektu. Správce daně sdělí daňovému subjektu tuto skutečnost v rozhodnutí o zastavení řízení.

- Pokud již došlo k uhrazení (předepsání) úroku dle § 254a DŘ, nebude správce daně požadovat tento úrok zpět, a to ani v případě, kdy daňový subjekt doposud nepožádal o jeho vrácení.

3. Zdůvodnění postupů dle tohoto článku

Postupy správce daně popsané v tomto článku byly zvoleny při vědomí toho, že je vysoce pravděpodobné a logické, že by rozsah náhrady škody přiznané daňovému subjektu v následném řízení dle z. č. 82/1998 Sb. nepochybně zahrnoval částku, kterou si nárokoval v daňovém tvrzení, resp. byla nepravomocně stanovena jako nadměrný odpočet, či mu již byla vyplacena jako záloha na daňový odpočet. Ačkoli DŘ v tomto směru upravuje v § 251d pouze vztah úroků hrazených správcem daně k náhradě újmy, lze mít za to, že započtení nadměrného odpočtu či zálohy na daňový odpočet na náhradu škody je jednoznačně nutné. V souladu se zásadami procesní ekonomie a principy dobré správy se tak nastoluje stav, který šetří práva daňového subjektu a současně minimalizuje náklady veřejného rozpočtu. Došlo-li již jednou k vyplacení určité (nesporné) částky daně v daňovém řízení, lze předpokládat, že v řízení o náhradě škody by důkazní břemeno daňový subjekt ohledně existence a výše vzniklé škody v tomto rozsahu unesl. Požadoval-li by správce daně vrácení již jednou vyplaceného nezpochybněného nároku, a to včetně úroku z daňového odpočtu, vedl by tento postup k vytvoření administrativní zátěže pro obecné soudy a zasažení právní jistoty na základě již jednou přiznaných práv daňovým subjektům, byť na základě dočasného opatření (zálohy) nebo nepravomocného přiznání určitého nároku.

Čl.V.

Přechodná a zrušovací ustanovení

V případě platebních výměrů⁹, kterými byla vyměřena/doměřena v souladu s tvrzením daňového subjektu (§ 140 odst. 1 DŘ) poslední známá daň, vydaných po uplynutí lhůty pro stanovení daně

přede dnem zveřejnění Usnesení RS, tj. před 5. 2. 2025

, a doposud nepřiznaného úroku dle

§ 253a DŘ

, správce daně zachová přístup odpovídající aplikační praxi zavedené v okamžiku jejich vydání, tzn. přizná příslušný úrok. Platební výměry takto vyměřené/doměřené daně vydané před 5. 2. 2025 nebudou z podnětu správce daně přezkoumávány.

Ruší se Metodický pokyn k postupu správce daně v případě uplynutí lhůty pro stanovení daně č. j. 85183/22/7100-50123-050167 ze dne 13. 2. 2023.

Mgr. Michal Polák, MBA

ředitel sekce

Příloha

Schémata situací

Na vědomí

Odboru 32 - Daňová legislativa Ministerstva financí

Odboru 39 - Správní činnosti Ministerstva financí

Generálnímu ředitelství cel

Sekci kontroly a analýzy rizik Generálního finančního ředitelství

Sekci informatiky Generálního finančního ředitelství

Sekci metodiky daní Generálního finančního ředitelství

Odboru majetkových daní, oceňování a ostatních agend Generálního finančního ředitelství

Odboru evidence a vymáhání daní Generálního finančního ředitelství

Odboru dotací a ostatních agend Generálního finančního ředitelství

Oddělení daňového procesu I Generálního finančního ředitelství

Oddělení právně-analytickému Generálního finančního ředitelství

Oddělení náhrad škod Generálního finančního ředitelství

                                                    I-------------------------------I
                                                    I     Elektronicky podepsáno    I
                                                    I           09.03.2026          I 
                                                    I     Mgr. Michal Polák MBA     I
                                                    I         ředitel sekce         I
                                                    I-------------------------------I

Příloha 1

Zjištěno na 1. stupni před vydáním rozhodnutí o stanovení daně

Zjištěno v rámci odvolacího řízení

Zjištěno posléze, tj. po vydání rozhodnutí o stanovení daně

Přiznané a vyplacené peněžité částky

DODATEČNÉ DAŇOVÉ PŘIZNÁNÍ NA DAŇ NIŽŠÍ NA SKLONKU LHŮTY DLE § 148 ODST. 5 DŘ- MODELOVÝ PŘÍKLAD

* UPLYNUTÍ PREIKLUZIVNÍ LHŮTY 4.3.2026

1 V textu tohoto metodického pokynu byl ponechán ustálený, rozšířeným senátem NSS používaný, pojem desetiletá objektivní lhůta, přestože terminologicky korektně se jedná o posun zastropování lhůty podle § 148 odst. 1 DŘ z 10 na 11 let, resp. možnost prodloužení prekluzivní lhůty za desetiletý strop podle § 148 odst. 5 DŘ.

2 Současně s tímto podnětem seznámí správce daně vhodným způsobem daňový subjekt s dalším postupem správce daně v zahájeném řízení, např. že nebude vydáno seznámení s dosavadním výsledkem kontrolního zjištění, nebude zaslána zpráva o daňové kontrole, nebude vydáno rozhodnutí o stanovení daně.

3 Ve lhůtě tří let od právní moci rozhodnutí o stanovení daně (§ 122 odst. 3 písm. c) bod 2. DŘ).

4 Tento postup se uplatní jak u prvostupňového správce daně, tak u odvolacího orgánu.

5 Viz Metodický postup k úroku z nesprávně stanovené daně č.j. 57164/25/7700-50123-051418 ze dne 25. 7. 2025.

6 Včetně vyšší daňové ztráty.

7 Příp. převedeného či jiným způsobem vypořádaného ve sféře dispozice daňového subjektu.

8 S ohledem na ojedinělost těchto situací bude v ADIS prováděno "ručním" zásahem.

9 Označovaných v předchozí metodické úpravě jako "konkludentní".