Srážková daň z podílů na zisku - uplynutí lhůty pro vyměření daně

Plné znění otázky

Společník s. r. o. si v říjnu 2019 vyplatil podíly na zisku. Srážkovou daň, cca 500 000 Kč, zaplatil ve správné výši, ve lhůtě a na svůj správný daňový účet. Ale podíl na zisku nebyl uveden ve vyúčtování srážkové daně za rok 2019, účetní vykázala jen srážky z DPP. Nyní v květnu 2023 jsem při kontrole stavu účtů zjistila, že finanční správa eviduje na daňovém účtu srážkové daně FO přeplatek těch 500 000 Kč. Co teď s tím? Pravděpodobně již uplynula lhůta pro vyměření a placení daně. Takže dodatečné vyúčtování podat nelze? Co teď s tím? Napadlo mě přiznat srážkovou daň ve vyúčtování za 2020 v dodatečném vyúčtování. Myslím, že by s. r. o. neměly hrozit pokuty, penále, úroky, když peníze byly celou dobu na správném daňovém účtu. Nebo se mýlím? Prosím, poradíte lepší postup? Společník neuvažuje o tom, že by využil uplynutí lhůty pro vyměření daně a peníze si nechal vrátit.