Oblast transferových cen je v posledních letech velmi oblíbenou mezi správci daně k provádění daňových kontrol. Zatímco v roce 2020 finanční správa v oblasti transferových cen provedla 294 kontrol, v roce 2023 tento počet vzrostl na 570 provedených kontrolních úkonů. Celkem finanční správa v roce 2023 doměřila u kontrolovaných daňových subjektů daň ve výši 724 milionů Kč. Celkový počet od roku 2020 do roku 2023 čítá 4 052 provedených kontrolních úkonů zaměřených na transakce se spojenými osobami, jejichž výsledkem bylo doměření daně ve výši 6,9 miliard Kč. V hledáčku finanční správy jsou nejčastěji kontroly zaměřené na poskytování zejména marketingových, ale i dalších služeb mezi spojenými osobami a také licencování nehmotného majetku.

Legislativa jako podklad nejen pro daňové kontroly

Daňová kontrola zaměřená na transferové ceny se stejně jako všechny daňové kontroly a ostatní postupy v rámci správy daní řídí procesními postupy, které jsou upraveny v zákoně č. 280/2009 Sb., daňový řád. V České republice je definice spojených osob a problematika transferových cen, včetně definice principu tržního odstupu zakotvena v § 23 odst. 7 zákona č. 586/1992 Sb., o daních z příjmů (ZDP). Finanční správa tedy při kontrolách zaměřených na transferové ceny vychází primárně z tohoto ustanovení ZDP, na které dále navazuje několik metodických pokynů Generálního finančního ředitelství (GFŘ) a Ministerstva financí (MF). Zejména se jedná o pokyn GFŘ-D-34 Sdělení k uplatňování mezinárodních standardů při zdaňování transakcí mezi sdruženými podniky a pokyn D-334, který obsahuje Sdělení MF k rozsahu dokumentace způsobu tvorby cen mezi spojenými osobami. Dalším stěžejním pokynem je také pokyn GFŘ-D-10, který vychází ze Zprávy JTPF o vnitroskupinových službách s nízkou přidanou hodnotou a definuje parametry nastavení cen pro tyto služby v souladu s principem tržního odstupu pro české daňové poplatníky.

Stěžejním materiálem nejen pro českou finanční správu, ale obecně pro všechny, kdo problematiku transferových cen řeší, je Směrnice OECD o převodních cenách pro nadnárodní podniky a daňové správy (Směrnice). Směrnice je rozsáhlým a podrobným metodickým manuálem k nastavení transferových cen mezi spojenými osobami. Pravidelně prochází revizemi, je aktualizována a doplňována o nové metodické poznatky. Poslední velká revize Směrnice OECD proběhla v roce 2022, kdy byla do Směrnice doplněna dlouho očekávaná kapitola X vztahující se k problematice finančních transakcí mezi spojenými osobami. Další revize Směrnice by měla proběhnout v roce 2026, kdy na jaro plánuje OECD vydat diskuzní návrh zaměřený na kapitolu VII, týkající se vnitroskupinových služeb.

Česká republika má v oblasti transferových cen také poměrně bohatou judikaturu, ze které čerpají nejen správci daně, ale často i daňoví poradci při posuzování transferových cen a argumentacích pro podložení správnosti nastavení transferových cen. V roce 2024 bylo pro oblast transferových cen vydáno celkem sedm rozsudků a v roce 2025 byly doposud vydány čtyři (https://tpcases.com/). Judikatura se přitom zaměřuje zejména na otázky důkazního břemene při prokazování souladu s principem tržního odstupu, hodnocení srovnatelných transakcí, přiměřenost použitých metod pro stanovení obvyklé ceny mezi spojenými osobami a mnoho dalších aspektů. Rozhodovací praxe českých soudů tak významně přispívá k výkladu daňových předpisů i ke sjednocování přístupu finanční správy a daňových subjektů. Z praktického hlediska se tato rozhodnutí stávají důležitým vodítkem pro nastavení a následnou obhajobu modelu transferových cen při případné daňové kontrole. Nejnovější judikatura se zabývala například uznatelností nákladů na poskytované služby, sestavením nákladové základny či tzv. příkazy mateřských společností.

Formální průběh daňové kontroly

Před samotným zahájením daňové kontroly v oblasti transferových cen správce daně nejprve posuzuje, zda u vytipovaného daňového subjektu existuje riziko nesprávného nastavení cen mezi spojenými osobami a jak významný může být jeho dopad na potenciální daňový doměrek, který bude tvořit příjem do státního rozpočtu. Toto hodnocení probíhá v rámci tzv. vyhledávací činnosti, při níž správce využívá dostupné interní a veřejné zdroje informací, aniž by musel daňový subjekt přímo kontaktovat, jelikož má k dispozici zejména daňové přiznání se všemi přílohami. Cílem je ověřit existenci a míru daňového rizika ještě před samotným zahájením daňové kontroly.

Oznámení o zahájení kontroly

Pokud se správce daně rozhodne zahájit daňovou kontrolu, je prvním formálním krokem odeslání oznámení o zahájení kontroly daňovému subjektu. V oznámení je uveden předmět kontroly, rozsah a relevantní daňové období, které bude zkoumáno. Spolu s tímto oznámením správce daně často vyzývá subjekt k předložení všech důkazních prostředků, jimiž mohou být například vnitroskupinové smlouvy, účetní doklady, interní analýzy, kalkulace vnitroskupinových cen a případně i dokumentace k transferovým cenám, pokud byla zpracována. Cílem této fáze je získat všechny relevantní informace, které umožní správci daně provést kontrolu transferových cen systematicky a efektivně.

Daňový subjekt se nemusí bránit sám. Během daňové kontroly může využít profesionální podpory ze strany externí poradenské společnosti, která může významně usnadnit celý průběh kontroly. Daňový poradce může převzít prostřednictvím plné moci veškerou komunikaci se správcem daně, koordinovat poskytování potřebných podkladů a zajišťovat obhajobu předložené dokumentace. Díky tomu má daňový subjekt možnost soustředit se na své běžné podnikatelské aktivity, zatímco odborníci zajišťují, aby byla dokumentace prezentována u správce daně přesně a v souladu s platnými předpisy, což přispívá k hladšímu průběhu daňové kontroly.

Dokumentace k transferovým cenám

Daňový subjekt buď doloží požadované materiály, nebo je nedoloží či doloží pouze částečně. V případě, že dokumentace k transferovým cenám chybí nebo je nedostatečná, správce daně využívá vlastní analýzy pro stanovení obvyklých cen. Pokud daňový subjekt doloží kompletní dokumentaci, tak je úkolem správce daně především ověřit její správnost, úplnost a soulad s principem tržního odstupu. Dokumentace k transferovým cenám by měla obsahovat zejména funkční analýzu, analýzu srovnatelnosti, výběr vhodné metody a provedení analýzy ziskovosti. Hlavní výhodou zpracované dokumentace je, že tržní rozpětí obvyklých cen je stanoveno s využitím profesionálních komerčních databází, jako jsou TP Catalyst či Orbis, jejichž data finanční správa standardně uznává a také využívá databázi TP Catalyst pro vlastní analýzy tržních dat. Správce daně posuzuje, zda dokumentace odpovídá požadavkům stanoveným v metodických pokynech GFŘ a současně vyhodnocuje model nastavení transferových cen. Pokud zjistí nesrovnalosti, může požadovat dodatečné informace nebo provést vlastní analýzu.

Vlastní analýza správce daně

Vlastní analýza ze strany správce daně spočívá zejména v analýze smluvních podmínek a následného sestavení analýzy funkcí vykonávaných jednotlivými stranami, použitých aktiv a nesených rizik. Poté následuje výběr vhodné metody ke stanovení ceny obvyklé, na základě které je stanoveno tržní rozpětí obvyklých cen pro posuzovanou transakci. Dalším krokem je porovnání zjištěné ceny obvyklé s transferovými cenami kontrolovaného subjektu. Cílem je posoudit, zda nastavení cen odpovídá principu tržního odstupu a zda transakce mezi spojenými osobami nevedou k nepřiměřenému snížení daňového základu jednoho ze subjektů. V případě zjištění nesrovnalostí správce daně vyzve daňový subjekt k uspokojivému doložení rozdílů mezi skutečnými cenami a cenami obvyklými v souladu s § 23 odst. 7 ZDP. Daňový subjekt na výzvu buď uspokojivě doloží požadované informace, čímž může dojít k potvrzení souladu transferových cen s principem tržního odstupu, nebo rozdíl uspokojivě nedoloží či doloží pouze částečně. V takovém případě správce daně doměří daň podle výpočtu, který vychází z dostupných údajů a porovnání s tržními cenami.

Zpráva o ukončení daňové kontroly

Po ukončení všech kontrolních úkonů správce daně vyhotoví zprávu o ukončení daňové kontroly, kde shrnuje svá zjištění, případné nedostatky v nastavení transferových cen a výsledný dopad na daňový základ kontrolovaného subjektu. Daňový subjekt má právo se proti tomuto rozhodnutí odvolat, případně se domáhat ochrany svých práv soudní cestou. Zpráva o ukončení daňové kontroly zároveň formálně uzavírá proces a slouží jako základ pro případné budoucí spory či odvolání.

Testování a dokazování v průběhu daňové kontroly

Daňové kontroly v oblasti transferových cen nemusí být jen o ověření ziskovosti daňového subjektu. Mnoho daňových subjektů si v rámci skupiny spojených osob poskytuje vnitroskupinové služby. A právě u těchto na rozdíl od prodeje výrobků či zboží ve skupině správce daně zkoumá nejen cenu obvyklou. Vzhledem k nehmotné podstatě služeb poskytovaných mezi spojenými osobami jsou při potenciální kontrole transakcí ze strany správce daně ještě před posouzením ceny obvyklé prováděny tzv. substance test a benefit test a až poté tzv. arm's length principle test, tedy test principu tržního odstupu. V rámci substance testu správce daně zkoumá, zdali byla předmětná transakce mezi spojenými osobami opravdu uskutečněna a v rámci benefit testu následně ověřuje přínos, který daná transakce měla pro jejího příjemce.

Substance test

Substance test představuje v praxi daňových kontrol zásadní nástroj pro posouzení, zda daňový subjekt skutečně obdržel deklarované plnění a zda toto plnění má reálný ekonomický obsah. Vychází z požadavku, aby fakturované vnitroskupinové služby nebyly pouze formálně doloženy účetními doklady, ale aby existovaly i věcné indicie potvrzující jejich faktické uskutečnění. Správce daně se proto při aplikaci substance testu nezaměřuje výhradně na právní formu smluvního ujednání, nýbrž na ekonomickou realitu transakce. Základnímu zkoumání je vždy podrobeno, zda poskytnutá služba byla fakticky realizována a zda její rozsah a obsah odpovídají tvrzením daňového subjektu.

Benefit test

Cílem benefit testu je ověřit, zda poskytovaná vnitroskupinová služba skutečně přináší ekonomický nebo jiný měřitelný přínos pro příjemce služeb. Zatímco substance test hodnotí reálné poskytnutí služby a věcný obsah plnění, benefit test se zaměřuje na výsledný efekt služby z pohledu podnikatelského zájmu společnosti, tedy zda poskytnutá služba podporuje dosažení, zajištění či udržení zdanitelných příjmů. Správce daně mimo jiné bude také zkoumat, zda by podnikatelský subjekt danou službu musel poptat u nezávislých třetích stran, pokud by nebyla poskytována v rámci skupiny spojených osob. Naplnění benefit testu je proto pro správce daně dalším klíčovým indikátorem, zda lze vnitropodnikové služby považovat za oprávněné plnění, jelikož benefit test umožňuje posoudit smysluplnost a účelnost poskytovaných vnitroskupinových služeb.

Nejvyšší správní soud již v minulosti opakovaně řešil otázku prokazatelnosti poskytnutí služeb mezi spojenými osobami. Soudy v judikatuře zdůrazňují, že daňový subjekt musí být schopen prokázat nejen formální existenci smlouvy a vystavení faktury, ale především skutečné poskytnutí a věcný obsah vnitropodnikových služeb. Důležité je také, aby daňový subjekt disponoval hmatatelnými důkazními prostředky, které podpoří jeho argumentaci, například vedené time sheety k poskytnutým vnitropodnikovým službám.

Připravenost daňového subjektu

Ačkoliv v České republice nevzniká povinnost ze zákona vyhotovit dokumentaci k transferovým cenám, tak finanční správa daňovým subjektům zpracování dokumentace doporučuje. V rámci zahájení daňové kontroly je totiž daňový subjekt vždy vyzván k doložení důkazních prostředků o tom, jakým způsobem jsou upraveny vztahy spojených osob v uskutečňovaných vnitroskupinových transakcích. Dokumentace k transferovým cenám představuje ve vztahu k uvedenému ideální důkazní prostředek, neboť veškeré tyto informace obsahuje. Navíc pokud daňový subjekt správci daně dokumentaci předloží, přechází poté důkazní břemeno na správce daně, který pokud dokumentaci neakceptuje, tak musí uspokojivě doložit argumentaci, proč je předložená dokumentace v rozporu s principem tržního odstupu.

Česká republika je členem OECD a aplikuje zásady a doporučení, které tato mezinárodní organizace vydává. V oblasti pravidel transferových cen se jedná o již výše zmiňovanou Směrnici, která sice není pro Českou republiku právně závazná, ale je mezi členskými státy OECD široce akceptována a její zásady dodržuje nejen česká finanční správa. Ze Směrnice vychází již také zmiňované metodické pokyny GFŘ a MF, které specifikují doporučení uvedená ve Směrnici pro potřeby českých daňových poplatníků, resp. finanční správy.

Dodržení standardních náležitostí dokumentace

Standardy při dokumentování správnosti nastavení transferových cen tak, aby byly v souladu s § 23 odst. 7 ZDP, jsou specifikovány konkrétně v pokynu GFŘ D-334. Každá dokumentace předkládaná správci daně v České republice by měla dle pokynu D-334 obsahovat především následující náležitosti:

• identifikace spojených osob a vzájemných vztahů ve skupině,
• popis obchodních vztahů (transakcí),
• další okolnosti mající vliv na obchodní vztahy (např. ekonomická analýza ČR, analýza konkrétního odvětví, analýza konkurence atd.),
• funkční a riziková analýza,
• popis metodiky používané pro oblast transferových cen,
• informace o způsobu tvorby transferových cen.

Pravidelná aktualizace podkladů

Dokumentace obsahující výše uvedené by měla být pro správce daně dostačující ke zjištění, jedná-li podnik v souladu s principem tržního odstupu, resp. stanovené transferové ceny odpovídají cenám u srovnatelných obchodních vztahů nezávislých společností. Důležitou informací je také fakt, že finanční správa akceptuje jako důkazní prostředek pouze dokumentaci vyhotovenu v českém jazyce. Zpracováním dokumentace k transferovým cenám však proces rozhodně nekončí, jelikož dokumentaci je současně nezbytné pravidelně aktualizovat. Směrnice doporučuje, pokud nedošlo k významným změnám v oblasti funkčního a rizikového profilu jednotlivých zúčastněných stran transakcí, aktualizovat kompletní dokumentaci, včetně revize funkčních a rizikových profilů společností, vyhledávací strategie a tržního rozpětí nezávislých srovnatelných společností, v časovém horizontu max. 3 let. Každoročně je pak vhodné ověřit, zda u vybraných nezávislých podniků nedošlo k významnému posunu v ziskovostech a aktualizovat rozpětí tržních cen, respektive finančních údajů srovnatelných transakcí, a to v zájmu zachování spolehlivé aplikace principu tržního odstupu a rovněž snížení potenciálního daňového rizika.

Závěrem

Daňová kontrola transferových cen bývá pro většinu poplatníků stresovým momentem a často i testem kvality nastavení jejich vnitroskupinových procesů. Zatímco správci daně hledají možné odchylky a příležitosti k doměření daně, podniky se snaží obhájit, že jejich ceny odpovídají cenám obvyklým. Není to však boj dvou stran, ale spíše hledání rovnováhy mezi ochranou veřejných příjmů a respektováním podnikatelské reality. Zkušenost z praxe je víceméně taková, že ten, kdo má předem připravenou kvalitní dokumentaci a další relevantní podklady, se nemusí daňové kontroly natolik obávat. Dobře zpracovaná a vedená dokumentace, logická argumentace a včasná komunikace se správcem daně mohou výrazně snížit riziko sporu i potenciální daňové doměrky.