Výzkum a vývoj

Zákon č. 360/2025 Sb. , kterým se mění některé zákony v souvislosti s přijetím zákona o jednotném měsíčním hlášení zaměstnavatele, přináší od 1. 1. 2026 významné změny odpočtu na podporu výzkumu a vývoje. Cílem těchto změn je zpřístupnit odpočet na podporu výzkumu a vývoje širšímu okruhu daňových poplatníků a současně odstranit část administrativní zátěže, která při využití odpočtu vzniká na straně daňových poplatníků, ale i správce daně.

Nejvyšší správní soud shodně s krajským soudem dospěl k závěru, že stěžovatel v daňovém řízení neprokázal, že by v rámci nulté série ke „zpětnovazebnímu vývoji“ docházelo. V rámci nulté série nenastaly takové problémy, k jejichž řešení by byl zapotřebí nový experimentální vývoj. Ze stěžovatelem předložených důkazních prostředků - protokolů z kontroly ověřovací výrobní série vyplynulo, že všechny základní kontrolované parametry výrobků byly v pořádku, což podporovalo závěr, že v rámci ověřovací série nedocházelo ke změnám na výrobcích výzkumně-vývojového charakteru. Dle § 34 odst. 4 zákona o daních z příjmů , resp. § 34b téhož zákona výčet výdajů možných uplatnit v odpočtu na výzkum a vývoj končí výdajem na výrobu prototypu nebo jeho části. Prototyp je nutné otestovat, zda je v praxi funkční. Stěžovatelem nebylo prokázáno, že se tomu dělo formou nulté série, naopak nultá série již nebyla přímo součástí výzkumně-vývojových aktivit.

Společnost získala dotaci na vývoj technologie recyklace odpadu. Náklady na projekt jsou z dotace financovány pouze v částečné výši. Doba projektu 3 roky, čerpání dotace každý rok podle vynaložených nákladů. Náklady tvoří převážně nakoupený materiál na výrobu testovacích zařízení a mzdy vlastních zaměstnanců. V podmínkám dotace je uvedeno, že v rámci vývoje nemůže být aktivován žádný hmotný majetek, který by v průběhu mohl vzniknout. Firma účtuje o materiálu a mzdách na nákladové účty a poskytnutou dotaci proúčtovává do výnosů. Např. celkové náklady na vývoj jsou 1 mil. Kč, dotace je 60 % nákladů. Na konci může nebo nemusí vzniknout nová technologie, kterou si firma může/nemusí patentovat. Je v pořádku zbylou hodnotu (400 000 Kč) uplatnit do daňových nákladů? Nebo dochází ke vzniku nehmotného majetku? Projekt, ale nemusí být úspěšný a žádná nová technologie nemusí vzniknout, tedy ani žádný nehmotný majetek.

Ustanovení § 34e - Závazné posouzení výdajů vynaložených na výzkum a vývoj zahrnovaných do odpočtu říká „Správce daně vydá na žádost poplatníka, který podal oznámení o záměru odečíst od základu daně odpočet na podporu výzkumu a vývoje, rozhodnutí o závazném posouzení výdajů vynaložených na výzkum a vývoj zahrnovaných do odpočtu." „Předmětem závazného posouzení výdajů vynaložených na výzkum a vývoj zahrnovaných do odpočtu je určení výdajů vynaložených na výzkum a vývoj zahrnovaných do odpočtu pro účely odpočtu na podporu výzkumu a vývoje." Rozumím správně, že se jedná o dobrovolné podání žádosti? Nejedná se o zákonem danou povinnost? V jakém případě je vhodné této možnosti využít? Jsou úskalí, která při načítání toho, co je uznatelné, mohou nastat? 

Při hodnocení splnění požadavků na projekt výzkumu a vývoje je správce daně oprávněn posuzovat nejen to, zda projekt výzkumu a vývoje obsahuje informaci o cíli projektu, ale též zda jsou údaje o cíli projektu dostatečně konkrétní a vyplývá z nich, v čem mají činnosti výzkumu a vývoje spočívat.

Dle zákona o daních z příjmu § 34a Odpočet na podporu výzkumu a vývoje činí součet: a) „100 % výdajů vynaložených v období na výzkum a vývoj zahrnovaných do odpočtu, které nepřevyšují úhrn výdajů vynaložených v rozhodné době na výzkum a vývoj zahrnovaných do odpočtu". Toto chápu tak, že všechny uznatelné náklady se odečtou od základu daně ve stejné výši jako výnosy v rámci jednoho rozhodného období. b) „110 % výdajů vynaložených v období na výzkum a vývoj zahrnovaných do odpočtu, které převyšují úhrn výdajů vynaložených v rozhodné době na výzkum a vývoj zahrnovaných do odpočtu". Toto chápu tak, že z nákladů odečtu výnosy - použiji písmeno a), ostatní náklady, ke kterým nemám výnosy, jsou tedy navíc, náklady jsou vyšší než výnosy. Pouze tu část nákladů – částku, která je vyšší, tedy rozdíl mezi náklady a výnosy – pouze tuto zbývající částku uplatním v písmenu b) – tedy 110 %, a tedy se mi daň z přijmů dostane do minusu a bude se mi vracet, resp. těch 10 % navíc. Rozumím zákonu správně? 

Ustanovení § 34d Odpočet na podporu výzkumu a vývoje u společníků osobních obchodních společností říká „U poplatníka, který je společníkem veřejné obchodní společnosti, lze odpočet na podporu výzkumu a vývoje zvýšit o poměrnou část odpočtu na podporu výzkumu a vývoje. Tento poměr odpovídá poměru, kterým se společník podílí na zisku veřejné obchodní společnosti.“ Jsme a. s. - týká se nás výzkum a vývoj –, jak tomuto paragrafu rozumět? Co přesně to znamená ve spojení se společníky? 

Jaké náklady jsou 100% daňově odčitatelné pro vývoj a výzkum? Jedná se mi např. o službu přepravy zboží. Na jedné faktuře je hmotná věc 501 + doprava této věci. Běžně je v tomto případě doprava součástí ceny zboží. Existují jiná pravidla, pokud se bavíme o vývoji a výzkumu? Jaká nařízení, zákony se tohoto specifického tématu týkají? 

Výzkumná a vývojová činnost poplatníka, která tvoří dílčí část řetězce výzkumného či vývojového procesu, musí sama o sobě splňovat zákonné podmínky pro daňový odpočet na podporu výzkumu a vývoje.

Krajský soud stěžovatelce přisvědčil, že zákon výslovně nestanovuje, že v projektové dokumentaci musí být uvedeno „kdo, kdy a jak bude kontrolu provádět“, jakož s ní souhlasil i v tom, že po ní nelze požadovat, aby do projektové dokumentace „obsáhle rozepisovala jednotlivé výpočty, které musí být provedeny, zkoušky a další kontrolní postupy, které plynou z technických norem“. Krajský soud též v obecné rovině konstatoval, že daňovým subjektům nelze ukládat povinnost, aby do projektové dokumentace uváděly např. jméno kontrolující osoby, den a čas, kdy bude kontrolu provádět, ani vzorečky pro výpočty použité při kontrole. Krajský soud ovšem na druhé straně správně konstatoval, že je povinností daňového subjektu, aby v projektové dokumentaci uvedl způsob kontroly a hodnocení postupu řešení projektu a dosažených výsledků takovým způsobem, aby bylo zřejmé, jaký mechanismus bude při kontrole a hodnocení použit, kým bude kontrola prováděna (nikoli konkrétní jméno, ale např. pracovní pozice apod.), jakož i s jakou četností bude kontrola prováděna s ohledem na fáze jednotlivých projektů.

Na který účet zaúčtovat fakturu za vývoj zařízení (320.000 Kč)? Dále fakturu za zhotovení návodů, a za zhotovení štítků, dále jak zaúčtovat fakturu od externí firmy za dílčí práce na výrobku (osazení desky, která je součástí výrobku)? A pak jak dále proúčtovat tyto náklady do výrobku?

Poplatníci mohou s účinností od roku 2005 od základu daně odečíst dle § 34 odst. 4 a 5 zákona č. 586/1992 Sb. , o daních z příjmů, ve znění pozdějších předpisů (dále jen „ZDP “ nebo „zákon o daních z příjmů “) odpočet na podporu výzkumu a vývoje (dále jen „odpočet“).

Poplatníci mohou s účinností od roku 2005 od základu daně odečíst dle § 34 odst. 4 a 5 zákona č. 586/1992 Sb. , o daních z příjmů, ve znění pozdějších předpisů (dále jen „ZDP “ nebo „zákon o daních z příjmů “) odpočet na podporu výzkumu a vývoje (dále jen „odpočet“).

Daňová odčitatelná položka na podporu výzkumu a vývoje je i nadále středem zájmu daňových kontrol. Daňové subjekty, které uvažují o jejím využití, se tak musí mít na pozoru a přípravu souvisejících podkladů v nejmenším nepodceňovat.

Plátce uhradil v 5/2023 zálohy na dlouhodobý nehmotný majetek (patenty na výzkum a vývoj). Od 1. 6. 2023 se stal plátcem DPH. Má nárok na zpětné vrácení DPH?

Nejvyšší správní soud dospěl k závěru, že takto vymezený způsob kontroly a hodnocení postupu řešení projektu a dosažených výsledků nelze považovat za dostatečně konkrétní, aby mohl naplňovat zákonný požadavek § 34 odst. 5 zákona o daních z příjmů vykládaný ve světle judikatury shrnuté výše. Závěr krajského soudu, podle něhož byl způsob vymezení sice na hranici akceptovatelnosti, ale dostatečný, není v souladu se zvýšenými nároky, které je třeba podle této judikatury klást na splnění formálních požadavků na projekty výzkumu a vývoje. Je pravda, jak uvedl krajský soud, že z vymezeného způsobu kontroly a hodnocení vyplývá, kdo měl kontrolu provádět, v jakých intervalech tak měl činit a v jaké formě měl výsledky kontroly zaznamenat. Z posuzovaných projektů však nevyplývá nic konkrétního o samotném obsahu kontroly a hodnocení. Nebylo nijak vymezeno, podle jakých pravidel (kritérií, metodiky) se mělo po věcné stránce hodnotit, zda a do jaké míry bylo řešení projektu úspěšné. Žádná taková konkrétní pravidla, která by odrážela uskutečněnou seriózní vědeckou práci, přitom nelze dovodit ani z každoročního hodnocení navázaného na rámcové vymezení činností pro jednotlivé roky řešení projektů, o kterou se opřel krajský soud.

Stručně řečeno, pakliže měl stěžovatel v úmyslu nárokovat podporu výzkumu a vývoje v podobě odpočtu dle § 34 odst. 4 zákona o daních z příjmů , musel být připraven strpět s tím přirozeně spjatý následek v podobě zpřístupnění relevantní dokumentace správci daně, byla-li k prověření jeho postupu při uplatnění odpočtu prováděna daňová kontrola.

V souzené věci je však podstatné, že pro možnost uplatnění nákladů na klinické hodnocení léků jako položky odčitatelné od základu daně musí být, vedle podmínky, aby činnost naplňovala definiční znaky výzkumu a vývoje, naplněna též negativní podmínka stanovená zákonem (a specifikovaná pokynem D–288 v bodu 7.), že tuto činnost při realizaci projektu musí poplatník provádět sám a nepořizovat ji jako službu. Touto podmínkou je vyjádřen účel dotčeného ustanovení, tedy podpora výzkumu a vývoje prováděná vlastními pracovníky v rámci jednoho podnikatelského subjektu (důraz přidán). Nepřiléhavá je též argumentace stěžovatelky, že výklad provedený daňovými orgány by vedl k tomu, že náklady na klinické hodnocení léků nebude moci jako odečitatelnou položku od základu daně uplatnit nikdo, ani stěžovatelka, ani zadavatel. Ze shora uvedeného vyplývá, že účelem zákona v rozhodném znění není, aby daňové zvýhodnění spojené s prováděním činností výzkumu a vývoje mohlo být uplatněno „za každou cenu“, ať již tuto činnost provádí kdokoli. Naopak, cílem je nepřímá podpora rozvoje vědeckovýzkumných kapacit právě a jen u poplatníka, který výzkum a vývoj vlastními materiálními a personálními prostředky provádí. Nehodlá-li (či nemůže) provádět veškeré činnosti výzkumu a vývoje svými silami, ale nakoupí tyto činnosti jako službu, není důvodu tento způsob provádění výzkumu a vývoje daňově zvýhodňovat prostřednictvím nepřímé podpory dle § 34 odst. 4 zákona o daních z příjmů .

Nejvyšší správní soud připomíná, že k tomu, aby mohla být určitá činnost podřazena pod vývoj ve smyslu § 34 odst. 4 zákona o daních z příjmů , „nepostačuje prostá či rutinní aplikace existujícího nového či zdokonaleného řešení, ale je nezbytné takové nové či zdokonalené řešení rovněž vytvářet“ (rozsudek Nejvyššího správního soudu ze dne 25. června 2020 č. j. 7 Afs 447/2018 - 55, zvýrazněno nyní). Stěžovatelka však nové řešení, tj. vyvíjený lék, nevytvářela, pouze zadavateli klinického hodnocení pomáhala s jeho testováním. Vlastní výzkumnou činnost (hledání optimálního složení léku) prováděl zadavatel. Nejvyšší správní soud rozhodně nechce snižovat význam podílu stěžovatelky na vývoji léků, přesto však její činnost nelze z výše uvedených důvodů považovat za výzkum ani vývoj ve smyslu zákona o daních z příjmů .

Podle rozsudku Nejvyššího správního soudu ze dne 21. 7. 2022, čj. 8 Afs 170/2020-49